A jogszabály kormány által beterjesztett módosítása rendeletalkotási jogot biztosít a kabinetnek a többi közt a vallási vagy nemzetiségi iskolai oktatás szervezésével kapcsolatban úgy, hogy figyelembe kell venni az egyenlő bánásmódról és az esélyegyenlőségről szóló törvényt. Az antiszegregációs kerekasztalban részt vevő szervezetek kérésére ez azzal egészül ki, hogy a rendeletalkotás során különös tekintettel kell lenni a jogellenes elkülönítés tilalmára.
Az MSZP azt kezdeményezte, hogy a témában egyáltalán ne biztosítson rendeletalkotási jogot a kormánynak a köznevelési törvény, álláspontjuk szerint ugyanis a kérdés így kikerül az Országgyűlés felügyelete alól. Javaslatukat a bizottság nem fogadta el. Czunyiné Bertalan Judit köznevelési államtitkár viszont azt hangsúlyozta, a miniszter úgynevezett kötött mandátumot kap a rendeletalkotásban. Az államtitkár szerint az Egyenlő Bánásmód Hatóság gyakorlata azt mutatja, hogy szükséges az eljárásjogi kérdések rendezése.
A módosítás azért került be a törvényjavaslatba, mert civilek és jogvédők bírálták a jogszabályt, amiért lehetőséged adna a szegregáló felzárkóztató oktatásra. Az ügy különlegessége, hogy a kritikus szervezetek egy része már korábban kivonult az antiszegregációs kerekasztal munkájából.