John Marwood Cleese egy akrobata és egy biztosítási ügynök gyermekeként látta meg a napvilágot az angliai Somersetben. Szülei magániskolába, a St Peter’s Preparatory Schoolba majd a Clifton Collegeba járatták, a fiatal John pedig nagyon hamar kitűnt a társai közül – már csak kivételes magassága miatt is, hiszen 12 éves korára túllépte a 180 centit. Kiválóan tanult, és a krikettben is jeleskedett, azonban már gyermekként is elsősorban a komédia vonzotta – magassága miatt társai gyakran belekötöttek, a feszült helyzeteket pedig igyekezett humorral oldani. Egy alkalommal például lábnyomokat festett az iskola udvarára, hogy úgy tűnjön, az udvaron álló szobor Earl Haig tábornagyról egyszer csak fogta magát, lemászott a talapzatáról és elvonult a vécére.
A Cliftonból való távozása után egy ideig tanári állást vállalt (többek között latint tanított), majd Cambridge-be ment jogot hallgatni. Itt tagja lett a legendás Cambridge Footlights színházi csapatnak – és összetalálkozott későbbi Monty Pythonos szerzőtársával, Graham Chapmannel. 1963-ban, kiváló minősítéssel végzett Cambridge-ben, és annak ellenére, hogy ekkor már kiragadhatatlanná vált a komédia és a színház világából, apja rendszeresen újságokból kivágott menedzseri állásajánlatokkal bombázta.
Cambridge után a BBC-hez került, és szkeccs-íróként valamint humoristaként számos produkcióban feltűnt. Cleese-t 1969-ben ajánlotta fel neki a BBC, hogy Chapmannel közösen készítsenek saját műsort – Cleese azonban vonakodott attól, hogy kétemberes show-t csináljon, ráadásul Chapman legendásan rossz természetétől is tartott, ezért felhívta Amerikában megismert kollégáját, Michael Palint, hogy szálljon be a projektbe. Palin hozta magával Terry Jonest és Eric Idle-t, Idle pedig beajánlotta maga mellé Terry Gilliamet – a Monty Python tehát megalakult.
Cleese gyakran jelenített meg szofisztikált felső-középosztálybeli karaktereket, valamint dühöngő őrülteket a Python alkotásokban. Chapmannel továbbra is szorosan együtt dolgozott – saját bevallása szerint ez valahogy úgy nézett ki, hogy ő írt, mint egy őrült, Chapmen pedig csak ült egy sarokban, és alig szólalt meg. Amikor viszont megszólalt, általában olyan javaslatokkal állt elő, ami egészen új szintre emelte a szkeccset. Klasszikus példája ennek a diszfunkcionalitásában is fantasztikus partnerségnek a „Döglött Papagáj”- szkeccs: Cleese ötlete az volt, hogy mutassanak be egy borzasztóan rosszul működő ügyfélszolgálatot, ahová a főszereplő egy törött pirítóval állít be. Chapman erre kontrázott rá, amikor kijelentette, a főszereplő a pirító helyett inkább egy döglött papagáj miatt panaszkodjon, pontosabban egy döglött norvég kék papagáj miatt – csak hogy még szürreálisabb legyen az egész.
Chapmannél 1989-ben diagnosztizáltak torokrákot, Cleese pedig ott ült a halálos ágya mellett. A férfi egy nappal a Repülő Cirkusz bemutatásának huszadik évfordulója előtt halt meg – Cleese gyászbeszéde pedig úgy vonult be a történelembe, mint az első brit búcsúztató, ahol az előadó nyilvánosan és többször egymás után kimondta a „fuck” szót.
Cleese egyike azon brit hírességeknek, akik akárhányszor szólalnak meg, a közönség vagy szakad a nevetéstől, vagy elképed és levegőért kapkod. 2010-ben, az Eyjafjallajökull vulkán kitörése kapcsán például azzal került be a lapokba, hogy a légtérzár miatt úgy döntött, eltaxizik Oslóból Brüsszelbe – az út mintegy 3,300 fontjába, több mint egymillió forintba került, és három taxisofőr kellett hozzá. Cleese aztán felült az Eurostarra, és elvonatozott Londonig – csak angolosan, uraim…