Az Oszmán Birodalom a XV. század derekán iszonyú gyors terjeszkedésbe kezdett: 1453-ban két hónapos ostrommal meghódítota a Bizánci Birodalom központját, Konstantinápolt, ami Isztambulként a Birodalom – és a mai Törökország – fővárosa lett. Nem elégedtek meg azonban ennyivel, így folytatták az európai előrenyomulást: a mai Görögország jó részét ugyan már korábban meghódították, de hiányzott még Athén.
1456-ban a török sereg megérkezett a város alá, mely 1458-ban végül el is esett. A hatalom átvétele után a törökök az Akropolisz épületeinek is találtak új feladatot:
Az athéniak az évszázadok során már megbarátkozhattak a tudattal, hogy egyes épületeik a megszállás során funkcióváltáson mennek át.
A Parthenón például az 1209-ben, a frank megszállás negyedik évében székesegyházzá változott, sőt, egy érsekség központjává vált. A katolikusok természetesen freskókkal díszítették az akkor még kifogástalan állapotú épületet, melyeket a törökök aztán módszeresen eltüntettek.
Az épületek némelyike tudatos pusztítás során tűnt el: Niké templomát például a Parthenón megerősítése miatt bontották szét.
A törökök a következő két évszázadban folytatták a terjeszkedést, de 1683-ban, Bécsnél egyszerűen fennakadtak a pápa és a nagy európai államok egyesített seregeivel folytatott harcban, és lassan visszavonulásra kényszerültek.
1687-ben a velencei seregek megérkeztek Athén alá, majd onnan is megkezdték a megszállók kiűzését. A török csapatok az Akropoliszra szorultak, lőporraktárukat pedig a Parthenónba költöztették. Egy velencei gránát a harc közepén az épületre hullott, és berobbantotta a nagy mennyiségű lőport.
A templom oldalsó oszlopainak jó része ledőlt, a maradványok pedig két napon át lángoltak.
Athén a törökök nagyvárosiasítási próbálkozásai ellenére aztán lassan elnéptelenedett, és voltaképp faluként vészelte át a következő százötven évet, az egykori nagymecset helyére, a romok közepébe pedig egy – ezúttal már Mekka felé fordított – újabb imaházat építettek:
A ma látható állapot oka jórészt ez a robbanás, de Thomas Bruce, Elgin hetedik earl-je (1766-1841) is felelős érte, hiszen a XIX. század első éveiben
azok jó részét a összepakolta és eladta a British Museumnak, köszönhetően az 1832-ig, a modern görög állam megszületéséig ott tartózkodó oszmánok engedélyének.
Az eltüntetett szobrok ma a British Museumban, a párizsi Louvre-ban és az athéni Akropolisz Múzeumban láthatóak.
