A magyarországi egészségügyi határérték szerint maximum 50 mikrogramm klorofill lehet egy liter vízben. Ezzel szemben a tó legalgásabb területén, a Keszthelyi-medencében 20 mikrogramm/liter alatt maradt a koncentráció, és keleti irányban még fokozatosan csökkent is – derül ki az MTA Ökológiai Kutatóközpont Balatoni Limnológiai Intézet kutatásából. A magas vízállás tehát kiváló vízminőséggel párosul.
A tó üledékében élő árvaszúnyogok – nem csípő szúnyogok – lárvái a lebegő mikroszkopikus algákkal táplálkoznak. Korábban, a tó algákban gazdagabb, azaz szennyezettebb időszakában hatalmas árvaszúnyograjzások okoztak időszakosan kellemetlenséget a Balaton partján üdülők számára, de napjainkban a vízminőség javulásával erre nem kell számítani. Mindenesetre az árvaszúnyogok a tó élővilágának természetes részei. A rajzásuk idején a levedlett, úgynevezett bábbőrök néhol habos lepedéket képeznek a parti övben, esetenként a nyílt vízben is. Ez a szürkésfehér anyag kellemetlen kinézete ellenére semmilyen tekintetben nem veszélyezteti a fürdőzőket, csupán levedlett rovarpáncélok tömegéből áll.
A Keszthelyi-medencében már egy évtizede megtelepedett az amuri kagyló. Ez a nagy testű, az iszapos fenekű vizeket kedvelő faj a kelet-ázsiai halak betelepítésével került hazánkba, és először a keleti országrészben terjedt el. Keszthely térségében napjainkban tömeges pusztulásuk borzolja a kedélyeket. Védekezni nem lehet ellene – a strandok üzemeltetői az elpusztult egyedek rendszeres összegyűjtésével mérsékelhetik a kárt. A jelenség ökológiai szempontból nem kifogásolható, hiszen egy idegenhonos inváziós faj állománya gyérül.
