Puhl Sándor 1955. július 14-én született Miskolcon, a Borsod-Abaúj-Zemplén megyei Emődön nevelkedett. Játékvezetői vizsgáját tizenöt éves korában, 1970-ben tette le Mezőkövesden, és egy évre rá már az Ónod-Varbó megyei rangadót vezette.
1978-ban minősítették NB III-as bírónak, majd 1982-ben kezdett az országos keret tagjaként működni az NB II-ben. Az NB I-ben 1984-ben bíráskodott először egy Vasas-Csepel mérkőzésen, melyet a házigazdák nyertek 3-0-ra. Egyik mentora Jaczina Róbert korábbi nemzetközi játékvezető volt. Pályafutása során összesen 225 NB I-es találkozón fújta a sípot, amivel a magyar örökranglistán a második helyre került Bede Ferenc mögé. Második ligás mérkőzéseinek száma 36.
Nemzetközi karrierje 1988-ban kezdődött, amikor 140 NB I-es mérkőzéssel a háta mögött a Magyar Labdarúgó Szövetség játékvezetői bizottsága nemzetközi játékvezetőnek terjesztette fel. Több válogatott és európai kupamérkőzést vezetett, segített partbíróként, illetve negyedik bíróként. UEFA-besorolás szerint a “mester” kategóriában tevékenykedett.
1991-ben a portugáliai ifjúsági labdarúgó-világbajnokságra delegálták, 1992-ben Vágner László társaságában első magyarként vezethetett mérkőzéseket a katari nemzeti bajnokságban, 1997-ben pedig a Borussia Dortmund-Juventus Bajnokok Ligája-fináléban volt sípmester. Ugyanebben az évben a Manchester United FC-Feyenoord Bajnokok Ligája-mérkőzésen nem (eléggé) torolt meg egy durva szabálytalanságot, amiért féléves “szabadságra” küldték, s ezért nem kapott meghívást az 1998-as vb-re.
Játékvezetői tevékenységének elősegítése érdekében állandó partjelzőket, segítőket jelöltek ki mellé: eleinte a Márton Sándor-Varga László, majd a Hamar László-dr. Bozóky Imre (a későbbi MLSZ-elnök) páros támogatásával jutott egyre magasabbra a világ játékvezetői ranglétráján.
Két Európa-bajnokságon is közreműködött: az 1992-es svédországi kontinensviadalon és az 1996-os angliai tornán. A magyar futballbíráskodás legnagyobb sikereként négy mérkőzést vezetett az 1994-es világbajnokságon az Egyesült Államokban, köztük a Brazília-Olaszország döntőt, ahol tizenegyesekkel Brazília győzött. Pályafutása során összesen 70 nemzetközi találkozót (köztük 30 válogatott mérkőzést) vezetett, játékvezetői karrierjét 2000-ben fejezte be.
A labdarúgás statisztikájával és történetével foglalkozó szervezet (IFFHS) sorozatban négyszer (1994, 1995, 1996, 1997) választotta meg Puhl Sándort a világ legjobb játékvezetőjének. 2011-ben az IFFHS az elmúlt negyed évszázad hatodik legjobb játékvezetőjének választotta. Itthon elnyerte az Aranysípot, s kétszer lett Magyarország legjobb játékvezetője (1992, 1995). Az 1994-es világbajnoki döntő vezetésének emlékére megkapta a világkupa kicsinyített mását. 2000-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend tisztkeresztjével tüntették ki, Eger és Emőd városa díszpolgárává fogadta.
