Az Állami Számvevőszék (ÁSZ) szerint a kormány által létrehozott közalapítványok ugyan a számukra meghatározott célokra használták fel a költségvetési támogatásokat, de nem törekedtek a takarékos, “jó gazda” módján történő közpénzfelhasználásra. A 2009-2010. évet vizsgáló jelentés megállapítja továbbá, hogy a közalapítványok hatékony elosztórendszert sem tudtak kialakítani, mivel döntő többségük nem tudott magántőkét bevonni a közfeladatok ellátásába.
Az ÁSZ ezért azt javasolja a kormánynak, hogy egységes szempontok szerint szabályozza a közalapítványok működési költségeit az alapító okiratokban, ennek mértékének meghatározásakor pedig legyen figyelemmel a feladatellátás sajátosságaira. Emellett kezdeményezik, hogy a kabinet kösse az ellátott feladatokhoz a közalapítványok kuratóriumának és felügyelő bizottságának tiszteletdíját és költségtérítését.
Az ellenőrzés harminchat, 2010. végén működő közalapítványt érintett, a vizsgálat szerint a szervezetek négyötödénél nem érte el a törvényi elvárás szerinti 80 százalékot az államháztartáson kívüli bevételek aránya.
A közalapítványok többsége az alapító okirataikban, illetve a támogatási szerződésekben foglaltak szerint használta fel a kapott támogatásokat, azonban öt szervezet kuratóriuma törvénysértő módon, mintegy 24 millió forint összegben nyújtott pályázaton kívül támogatást. Egy közalapítványnál pedig a kuratórium tagjai annak ellenére felvették a tiszteletdíjukat, hogy cél szerinti tevékenységet nem végzett a közalapítvány .
A közalapítványok a vizsgált időszak alatt 86,2 millió forint bevétellel gazdálkodtak, amely kétharmada az állami költségvetésből származott. A közalapítványok bevételeik több mint felét támogatásként továbbadták, a többi részét saját és önálló intézményeiken keresztül történő feladatellátásra fordították. A közalapítványok támogatásaikkal és saját feladatellátásukkal oktatási, szociális, kulturális és kutatási tevékenység végzéséhez, országos és regionális rendezvények megtartásához, a határon túli kapcsolatok erősítéséhez járultak hozzá.
