Ezek: Magyar Katolikus Egyház, Magyarországi Református Egyház, Magyarországi Evangélikus Egyház, izraelita hitfelekezet, ortodox egyházak (ezek Magyarországon öt különböző felekezetet alkotnak), unitárius, baptista, metodista, pünkösdi egyházak.
A munkaanyag hét kritériumot fogalmaz meg általában véve az egyházakkal szemben, ha ezeknek megfelelnek, a Fővárosi Bíróságon bejegyzik őket: a szervezet elsődlegesen vallási tevékenységet végez; tanításának lényegét tartalmazó hitvallással és rítussal rendelkezik; legalább 20 éve honos Magyarországon; legalább ezer természetes személy tagja van; az alapszabályát, létesítő okiratát, belső törvényét, szervezeti és működési szabályzatát vagy azoknak megfelelő más szabályzatot elfogadta; a szervezet az ügyintéző és képviseleti szerveit megválasztotta; tagjai nyilatkoznak arról, hogy az általuk létrehozott szervezet tevékenysége nem ellentétes az alaptörvénnyel, jogszabályba nem ütközik, valamint nem sérti más jogait és szabadságát.
Az átmeneti rendelkezések között szerepel, hogy azok az eddigi egyházak, amelyek a fenti kritériumoknak nem tudnak eleget tenni, vallási tevékenységet is végző egyesületté alakulnak át, ezzel civil szervezeteknek tekintendők a továbbiakban, így a civilszervezeteknek felajánlható személyi jövedelem egy százalékára jogosultak lesznek, feltéve, hogy “a civilszervezetekre vonatkozó törvény által támasztott feltételeket 2012. június 30-ig teljesítik”.
A tervezet pontosan definiálja a vallási tevékenység, az egyház, az egyházi jogi személy, a származtatott egyházi szervezet, az egyházi intézmény, a vallási tevékenységet is végző egyesület, a közcélú tevékenység, a gazdasági-vállalkozási tevékenység, valamint az egyházi személy fogalmát.
Az egyházak működéséről szóló rész kiemeli: az egyházak közcélú tevékenységének finanszírozása az állami, önkormányzati intézményekkel azonos mértékben történik; az egyházak adókedvezményben és azzal egy tekintet alá eső más kedvezményekben részesíthetők; az egyházak költségvetési támogatása felhasználásának ellenőrzését az Állami Számvevőszék látja el; az egyházak és az egyházi személyek fokozott szabálysértési- és büntetőjogi védelemben részesíthetők; az egyház elnevezése, jelképrendszere, szertartásrendje, valamint közismerten használt neve fokozott jogvédelemben részesül; az egyház saját ünnepnapjának megtartására jogosult.