Szapolyai János Zsigmond viharos időkben, az ország két részre szakadása után született 1540. július 7-én, csak néhány nappal apja, I. János halála előtt. Bár a király még az 1538-as váradi egyezményben ígéretet tett arra, hogy halála után a nyugati területek urára, Habsburg I. Ferdinándra hagyja országrészét, betegágyán végül mégis fiát választotta örökösének. Fráter György vezetésével a János-párti főurak 1540 szeptemberében királlyá választották a csecsemő II. Jánost, akit a magyar belviszályt kihasználó Szulejmán hamarosan pártfogásába vett, és fiának nyilvánított – írja a Rubicon.hu.
A „támogatás” ebben a helyzetben azt jelentette, hogy a gyermek király védelmének ürügyén Szulejmán az oszmán hódoltság területének növelésére törekedett. Fráter György ezért vissza akarta állítani az ország egységét, és az 1549-es nyírbátori egyezményben elérte, hogy Oppeln és Ratibor hercegségekért cserében Izabella – gyermeke nevében is – lemondjon trónjáról.
Az özvegy királyné és fia 1551-ben távozott Erdélyből, de a Habsburgok nem rendelkeztek elég erővel Magyarország megoltalmazására: a rendek 1556 októberében visszahívták Izabellát és János Zsigmondot. A keleti királyság örököse ekkor még mindig csak 16 esztendős volt, így aztán helyette uralkodói ambíciókat dédelgető anyja kormányozta Erdélyt 1559-ben bekövetkezett haláláig. Az uralmat átvevő János Zsigmond helyzete nem volt könnyű, ugyanis a Habsburgok nem mondtak le Erdély megszerzéséről.
A háborúskodásnak az 1570-es speyeri egyezmény vetett véget: II. János végleg lemondott a választott magyar királyi címről, és helyette princeps, azaz fejedelem titulust vette fel. Ő és utódai megtarthatták Erdélyt, de a család kihalása esetén a magyar királyt illette volna meg az új vezető kinevezésének joga. Ilyen szempontból tehát vita van azzal kapcsolatban, hogy az 1570. december 1-jén beiktatott uralkodó mennyiben tekinthető tényleges erdélyi fejedelemnek, és nem a rendek által önállóan választott utódot, Báthory Istvánt kellene -e inkább az elsőnek tekintenünk ebben a sorban. János Zsigmond fejedelmi országlása ugyanis nem tartott sokáig: 1571. március 14-én ratifikálta a szerződést, majd négy nappal később elhunyt, az erdélyi rendek pedig halála után eltértek a speyeri egyezményben foglaltaktól.
