A törvényjavaslat szerint 2012. január 1-jén hatályát veszti a lelkiismereti- és vallásszabadságról, valamint az egyházakról szóló 1990. évi IV. törvény. A lelkiismereti- és vallásszabadság jogáról, az egyházak, vallásfelekezetek és vallási közösségek jogállásáról szóló törvényjavaslat melléklete 13 felekezetet említ, amelyeket az 1895-ös törvény alapján bevett, elismert felekezetnek minősít.
A négy KDNP-s honatya – Lukács Tamás, Vejkey Imre Varga László és Harrach Péter – által benyújtott törvényjavaslat a fenti kategóriába sorolja a Magyar Katolikus Egyházat, a Magyarországi Református Egyházat, a Magyarországi Evangélikus Egyházat, a Magyarországi Zsidó Hitközségek Szövetségét, az Egységes Magyarországi Izraelita Hitközséget, a Magyarországi Autonóm Ortodox Izraelita Hitközséget, a Budai Szerb Ortodox Egyházmegyét, a Konstantinápolyi Egyetemes Patriarchátus Magyarországi Ortodox Exarchátusát, a Magyarországi Bolgár Ortodox Egyházat, a Magyarországi Román Ortodox Egyházat, az Orosz Ortodox Egyház Moszkvai Patriarchátusát, a Magyarországi Unitárius Egyházat és a Magyarországi Baptista Egyházat.
A melléklete felsorolja azokat a jelentős közcélú tevékenységet ellátó egyházakat, amelyekkel a kormány megállapodást köt: Magyarországi Metodista Egyház, Magyar Pünkösdi Egyház, Hetednapi Adventista Egyház, Erdélyi Gyülekezet, Hit Gyülekezete, Üdvhadsereg Szabadegyház, Magyarországi Evangéliumi Testvérközösség, Magyarországi Krisna-tudatú Hívők Közössége.
A melléklet további 23 olyan egyházat sorol fel, amelyek országos lefedettségűek, illetve világvallásokhoz kötődnek és jelentős nemzetközi kapcsolatokkal rendelkeznek; ezeknek elismert vallási közösségekké való nyilvánítását szorgalmazza. Közöttük szerepelnek egyebek mellett a mormonok, a buddhista és iszlám vallási közösségek, a nazarénusok, a Jehova Tanúi és az anglikán egyház is.
A korábbi gyakorlattal ellentétben az egyházak nyilvántartása a kizárólagos illetékességgel a Fővárosi Bírósághoz kerülne. Akkor nyújtható be nyilvántartásba vételre irányuló kérelem, ha az egyesület elsődlegesen vallási tevékenységet végez; tanításának lényegét tartalmazó hitvallással és rítussal rendelkezik; legalább húsz éve szervezett formában, egyesületként működik Magyarországon és legalább ezer, magyarországi lakóhellyel rendelkező természetes személy tagja van (az időtartamba beszámít az e törvény hatályba lépése előtt egyházként történő működés is); az alapszabályát, létesítő okiratát, belső törvényét, szervezeti és működési szabályzatát vagy azoknak megfelelő más szabályzatot elfogadta; a szervezet az ügyintéző és képviseleti szerveit megválasztotta; tagjai nyilatkoznak arról, hogy az általuk létrehozott szervezet tevékenysége nem ellentétes az alaptörvénnyel, jogszabályba nem ütközik, valamint nem sérti más jogait és szabadságát.
A törvényjavaslat megállapítja: a „vallási tevékenység olyan világnézethez kapcsolódó tevékenység, mely természetfelettire irányul, rendszerbe foglalt hitelvekkel rendelkezik, tanai a valóság egészére irányulnak, valamint az erkölcsöt és az emberi méltóságot nem sértő sajátos magatartás követelményekkel az emberi személyiség egészét átfogja”.
A törvényjavaslat szerint önmagában nem tekinthető vallási tevékenységnek a politikai és érdekérvényesítő, a pszichikai vagy parapszichikai, a gyógyászati, a gazdasági-vállalkozási, a nevelési, az oktatási, a felsőoktatási, az egészségügyi, a karitatív, a család-, gyermek- és ifjúságvédelmi, a kulturális, a sport, az állat-, környezet- és természetvédelmi és „a hitéleti tevékenységhez szükségesen túlmenő adatkezelési” tevékenység.
Az egyház, vallásfelekezet, vallási közösség definíciójaként azt írják: „az azonos hitelveket valló, cselekvőképes, magyarországi lakóhellyel rendelkező, természetes személyekből álló, önkormányzattal rendelkező, autonóm szervezet, mely elsődlegesen vallási tevékenység gyakorlása céljából működik”.
A törvényjavaslat hangsúlyozza, az egyház kizárólag olyan vallási tevékenységet gyakorolhat, „amely az alaptörvénnyel nem ellentétes, jogszabályba nem ütközik, nem sérti más közösségek jogait és szabadságát, valamint az emberi méltóságot”. Biztosítani kívánja a törvényjavaslat az állam és az egyház különválasztását, ugyanakkor törvényes keretet kíván biztosítani ahhoz, hogy „az állam a közösségi célok érdekében együttműködjön az egyházzal”.
Biztosítani kívánja a törvényjavaslat, hogy az egyházak az állam által fenntartott nevelési és oktatási intézményekben – a tanulók és a szülők igényei szerint – hitoktatást tarthatnak, a felsőoktatási intézményekben hitéleti tevékenységet folytathatnak. A hitoktatót, illetve a hittanárt az egyházi jogi személy nevezi ki. A hitoktatás költségeit – külön törvény, illetve az egyházakkal kötött megállapodások alapján – az állam biztosítja. Az egyházak a kormánnyal kötött megállapodás alapján külön jogszabályban meghatározott rendben végzett tábori lelkészi, valamint börtön-és kórházlelkészi szolgálatot vagy más speciális szolgálatot végezhetnek.
