Az október 2-i kvótanépszavazás érvénytelensége dacára a kormány a nem szavazatok arányára hivatkozva nyújtotta be az Alaptörvény hetedik módosítását. A keddi zárószavazás előtt az Eötvös Károly Intézet arra figyelmeztet, hogy a kormánynak politikai alkuk helyett demokratikus vitát kellett volna kezdeményeznie. Ez teljesen elmaradt, noha a népszavazás nem az Alaptörvény módosítását, hanem a legitimáció hiányát bizonyítja.
Az Eötvös Károly Intézet öt pontban foglalta össze kifogásait.
Az október 2-i népszavazás közjogi szempontból minden fázisában hibás volt. A referendum kérdése nem felelt meg a törvényi és alkotmányos követelményeknek, ezért már szavazásra sem lehetett volna bocsátani. Sem a választó, sem a kormányzat nem tudta, milyen jogalkotási kötelezettség következik az eredményes népszavazásból. A referendumot előkészítő kormányzati kampány súlyosan jogsértő volt. A népszavazás érvénytelen lett, így közjogilag nem alapoz meg semmilyen kormányzati döntést. A parlament és a kormány mozgástere a menekültügyi döntéshozatal terén változatlan maradt, a népszavazás után ugyanazon nemzeti és uniós jogi keretek között hozhat döntéseket, mint a referendum előtt. A kormányzat az október 2-át követően hozott döntéseinek igazolását, azokért a politikai felelősségét nem háríthatja el azzal, hogy a döntésre a referendum kötelezi, csak végrehajtja a választópolgárok akaratát.
Miután a népszavazás közjogilag sikertelen lett, a kormányzat úgy próbált érvelni, hogy a referendumból nem jogi kötelező erő, hanem politikai felhatalmazottság következik. Ez az érv hamis. Az alkotmány kellő stabilitásáért szükség van társadalmi vitára és a választók bevonására a döntésbe. Az október 2-i referendum nem tekinthető olyan választópolgári döntésnek, amely politikai felhatalmazást adott volna az Alaptörvény hetedik módosítására. A népszavazási kérdés nem az Alaptörvény módosításáról szólt, erre a szándékra csak homályos utalásokból lehetett következtetni, azt is csak közvetlenül a szavazást megelőzően. A referendum érvénytelen lett, ami sokkal inkább a társadalmi egyetértés hiányát mutatja.
A legutóbbi, terrorveszélyhelyzetről szóló módosításhoz hasonlóan a hetedik alaptörvény-módosítás elfogadásának demokratikus vitáját is ellehetetleníti, hogy a tervezett módosítás tartalmát csak a parlamenti benyújtás idején, október 10-én hozták nyilvánosságra, október 17-én le is folytatták az általános vitáját az Országgyűlésben, majd a benyújtás után egy hónappal, november 8-án zárószavazást tartanak. Ez világosan mutatja, hogy a kormányzó pártok az Alaptörvényre nem a kormányzati hatalomgyakorlás korlátait meghatározó alkotmányként, hanem a hatalomgyakorlásuk egyik eszközeként tekintenek.
A hetedik alaptörvény-módosítás indokolása szerint a módosításoknak a nemzeti szuverenitás védelmét kellene megalapozniuk az uniós döntésekkel szemben. A módosítás alapján azonban Magyarország nem mentesülhet az uniós döntések végrehajtása alól. A kvótahatározat olyan másodlagos uniós jog, ami közvetlenül kötelez valamennyi EU-tagállamot, ha Magyarország nem hajtja végre, kötelezettségszegési eljárás indítható ellene. Mivel az Alaptörvénybe bekerülő új rendelkezéseknek nincs valódi jogi jelentősége, az intézet szerint a módosítás valódi célja, hogy fenntartsa a kormány hatalmi helyzetét megerősítő propaganda-hadjáratot a menekültek ellen, elterelje a figyelmet a nyomasztó korrupciós helyzetről, a növekvő szabadsághiányról és a válságágazatokról (oktatás, egészségügy).
A módosítás alapján az Alaptörvény szövegébe kerülő „alkotmányos identitás” bizonytalan tartalmú fogalom. Meghatározásának a magyar alkotmányos gyakorlatban nincsenek előzményei. Tartalmát több tényező alakítja: az alkotmányszöveg, az alkotmány létrejöttének története, a sajátos alkotmányos berendezkedés, a szokások és mindenekelőtt az alkotmánybírói jogértelmezés. Az Alaptörvénynél nehéz az alkotmányos identitás azonosítása, mert szövegén kívül fogódzó áll rendelkezésre. Az alkotmányos identitás a jövőben leginkább az alkotmánybírósági jogértelmezés által formálódhat. Az Alkotmánybíróságnak azonban valamennyi hivatalban lévő bírája olyan eljárásban nyerte el mandátumát, amelyben jelölésükhöz és megválasztásukhoz is elegendő volt a kormányzó pártok támogatása. E testület kezében az új alaptörvényi szabályok – még ha főként propagandaeszköznek is tűnnek – kockázatot rejtenek magukban, hiszen számon kérhető jogi érvelés nélkül is felhasználhatják őket a kormány politikai érdekeit szolgáló döntések indokaként – írta elemzésében az intézet.