A Fővárosi Bíróság lényegében helybenhagyta a versenyhatóság korábbi döntését a vasúttársaság jogsértései miatt. A bíróság szerint vasútcég jogtalanul követelt a saját hálózattal nem rendelkező, ám hazánkban új szolgáltatóként megjelenni kívánó vasúttársaságoktól feltétel nélküli bankgaranciát. Azok működéséhez ugyanis a szükséges vasúti pálya és más pályatartozékok használatához biztosítékként a MÁV az éves pályahasználati díj 2,5 hónapra eső részének megfelelő összegű, feltétel nélküli bankgaranciát várt.
Ugyancsak a piacralépést nehezítő magatartásnak minősült a MÁV részéről az, hogy a piacnyitást megelőzően, illetve közvetlenül azt követően négy, kiemelt jelentőségű fuvaroztató céggel több évre szóló, kizárólagos szállítási keretmegállapodást kötött. Ezen cégek (a MOL, a BorsodChem, a Mátrai Erőmű és a Magyar Alumínium Rt.) a megállapodás hatálya alatt akkor sem fordulhattak a magánvasutakhoz, ha azok a MÁV ZRt.-nél lényegesen kedvezőbb feltételeket tudtak volna kínálni.
A GVH 2006 júliusában a MÁV ZRt.-t a fentiek miatt egymilliárd forint versenyfelügyeleti bírság megfizetésére kötelezte, amely a vasútársaság méretével, a jogsértés súlyával és időtartamával arányosan került megállapításra.
A GVH döntése után a MÁV a Fővárosi Bírósághoz fordult jogorvoslatért. A bíróság a végleges bírságot azért csökkentette 300 millió forinttal, mert úgy ítélte meg, nem minősült erőfölénnyel való visszaélésnek, hogy a MÁV a 2005. évre szóló pályahasználati szerződés megkötésének előfeltételeként bankgaranciát kért.
