A felkelők a mintegy két évtizedes harcot lezáró békeszerződés személyes biztosítékának tekintették Garangot, aki a harcban álló felek között létrejött békeszerződés révén lett az ország alelnöke. Halálhírére a fővárosban, Kartúnban élő dél-szudáni menekültek ezrei fosztogattak, gépkocsikat gyújtottak fel, és arab járókelőket vertek meg. Az áldozatok száma meghaladta a 130-at.
A déli kötődésű Szudáni Népi Felszabadítási Mozgalom (SPLM) javaslatára Salva Kiir vezérkari főnök követte őt az alelnöki poszton. Időközben egyre több muszlim szudáni menekül északra a többségében keresztények lakta délről. Dzsubában, e régió központjában az SPLA (az SPLM fegyveres szárnya) fegyveresei és a kormánykatonák együtt gondoskodnak a biztonságról a városban, ahová várhatólag számos afrikai államfő érkezik Garang szombati temetésére.
Az ellenségeskedések 2003 elején újabb fordulatot vettek, amikor az Dárfúrban lázadó fekete csoportok fegyvert fogtak a központi kormány ellen. Az ENSZ Biztonsági Tanácsa vizsgálatot kezdeményezett, mert a néger lakosság felkelése mögött rendre a kormány részrehajló intézkedései álltak. Az országban többségben levő, főleg északabbra élő arab lakosság javára hozott intézkedések háttérbe szorították a feketék érdekeit, ám tiltakozásukra a kormány katonai erők bevetésével válaszolt. A lázadók azzal vádolják a kartúmi arab kormányt, hogy nem foglalkozik Dárfúr problémáival, és felfegyverzi a rendszeresen fosztogató Dzsandzsavid arab milíciát.
Afrika legnagyobb területű országában még mintegy harminc fegyveres csoport él önálló életet, köztük 30 ezer harcossal. A belső széthúzások következtében legyengült az egykor erős kormányzat is. A 21 évig tartó polgárháborút lezáró béke-megállapodást 2004. december 31-én írták alá a szudáni kormány és az ország déli részét ellenőrző Szudáni Népi Felszabadító Mozgalom képviselői. A megállapodások lényege, hogy a keresztény négerek lakta dél-szudáni területek az ország részei maradnak, de jóval nagyobb függetlenséget élvezhetnek. A déli területeken található Szudán olajforrásainak jelentős része. A békeszerződés szerint az innen kitermelt olaj felével a déliek szabadon gazdálkodhatnak. A főként amerikai nyomásra létrejött béke-megállapodás nem érinti a Dárfúrban egy éve tartó lázadást, de mintául szolgálhat a nyugat-szudáni konfliktus rendezéséhez is.
