A döntés végül egyik saját mesterműve, a firenzei San Lorenzo-bazilika Medici-kápolnája (1521-1524) alatti titkos helyiségre esett, ahol a művész három hónapot töltött el. Alkotómunka nélkül azonban képtelen volt megküzdeni a bezártsággal, így egy széndarabbal vázlatok egész sorával – 56 rajzzal – tömte tele a falakat: önarcképpel, Jézus arcával, valamint a Sixtus-kápolna későbbi falfestményeinek terveivel.
De miért haragudott meg a pápa Michelangelóra?
A művész Európa egyik leggazdagabb és legerősebb családjának, a Firenzét fejedelemként irányító Medicieknek köszönhetően emelkedett a legnagyobb művészek sorába. 1529-ben azonban Michelangelo csatlakozott a firenzeiek egy, az erős családdal szemben álló csoportjához, akik egy fokkal demokratikusabb vezetésre vágytak. Segített is nekik megerősíteni a város falait, hogy az épp regnáló pápa, a Medici-házba tartozó VII. Kelemen (1523-1534) csapatai nehezebbn juthassanak át azokon. A tíz hónapon át tartó küzdelemben természetesen a pápa és serege győzött, a demokraták pedig jókora büntetésre számítottak. A művésznek tehát nem volt más lehetősége ennek elkerülésére, mint a tökéletes megtalálása. 1530. novemberében VII. Kelemen aztán megbocsátott Michelangelónak, aki visszatérhetett a munkájához – ennek köszönhetően 1535 és 1541 között befejezhette fő művét, a Sixtus-kápolnát.
A mindössze hét méter széles, és 1,8 méter magas szoba rajzait az azokat fedő fehér festékrétegnek köszönhetően több, mint négy évszázadon át, 1976-ig nem fedezték fel, de törékenysége, szellőzésének hiánya, valamint mérete miatt azóta sem nyitották meg állandó jelleggel – ez persze nem jelenti azt, hogy véletlenszerű időpontokban néhány napig ne lehetne bejutni.