Podjebrád Katalin és ikertestvére, Szidónia három esztendős volt, amikor édesapjuk, György 1452-ben V. László király kormányzója lett, és e minőségében irányította Csehországot – édesanyjuk még a lányok születésekor elhunyt gyermekágyi lázban. Magyarországot ekkor Hunyadi János irányította ugyancsak kormányzóként, majd mikor a nándorfehérvári diadal után, 1456-ban meghalt a család súlyos konfliktusba keveredett a királlyal. Hunyadi Lászlót 1457-ben kivégezték, Mátyást pedig Prágában tartották fogságba Podjebrád György felügyelete alatt.
Még ebben az évben váratlanul meghalt az ifjú, mindössze 17 éves V. László, Podjebrád ezzel a cseh trón legesélyesebb várományosává lépett elő. Lehetőségeit csak szélesítette, hogy az őrizetében lévő Hunyadi Mátyást a magyar országgyűlés 1458-ban királlyá választotta. Helyzetét maximálisan kihasználva jókora váltságdíjat kért a magyarok ifjú királyáért, illetve eljegyezte Mátyással az akkor még csak 8 esztendős Katalint.
Ez utóbbihoz Mátyás a bárói csoportok és édesanyja, Szilágyi Erzsébet akaratával szemben is tartotta magát, ami nem kis fejtörést okozott itthon: a magyar arisztokraták ugyanis Garai Anna és a Hunyadi-gyermek házasságával kívánták megpecsételni szövetségüket. Mátyás azonban kitartott, de nem holmi lovagi becsületből, hanem ily módon is szabadulni akart a bárók befolyásától – írja a Rubicon.hu. A menyasszony 1461-ben költözött Magyarországra, az esküvőt két évvel később, 1463. május 1-jén tartották a budai Nagyboldogasszony-templomban (a mai Mátyás-templomban). Podjebrád Katalin hamarosan teherbe esett, és 1464 márciusában fiút szült,
Hunyadi Mátyás három héttel a Szent Koronával történő koronázása előtt elveszítette családját, bár ekkor azon még nyilván nem aggódott, hogy a bécsújhelyi szerződés értelmében trónörökös híján trónja majdan a Habsburgokra száll. Tizenkét esztendőt várt, míg Aragóniai Beatrix személyében újabb feleséget választott, de törvényes örököse nem született, törvénytelen fia, Corvin János utódlását pedig nem sikerült biztosítania.
