A Shell legfontosabb törekvései között szerepel azon ökoszisztémák, így erdőségek, füves és vizes területek védelme, melyek természetes segítségek a szén-dioxid-kibocsátás kiegyenlítésében. A cég által támogatott természetalapú vagy természetes klímavédelmi megoldások lényege, hogy ezeket az ökoszisztémákat és élőhelyeket oly módon védjék és rezerválják, hogy azok továbbra is elnyeljék a légkört károsító üvegházhatású gázokat, és tisztítsák levegőnket. Emellett a projektek keretében az érintett térségek egyedi problémáinak felszámolásával és adottságainak feltérképezésével is foglalkoznak. Ehhez kapcsolódóan a helyi veszélyeztetett fajok védelmét, az ott élő közösségek életkörülményeinek javítását is célul tűzték ki.
A két kiemelkedő kezdeményezés egyike, amelyben a Shell részt vesz, nem más, mint a perui Cordillera Azul projekt, melynek alapvető törekvése, hogy az Andok és az Amazonas-medence között fekvő természetvédelmi terület ökoszisztémáit és a környező területeken élő közösségeket védje és formálja. Céljuk, hogy az erdőírtásból és erdőpusztulásból származó károkat visszaszorítsák és helyreállítsák, munkálataik a területen mintegy 1,5 millió hektárnyi veszélyeztetett esőerdő védelmét jelentik, megóvva 45 vízválasztó térséget, illetve számos veszélyeztetetett és Magas Természeti Értékű fajt. A helyiek számára, amely 440 közösséget, köztük 30 őslakos közösséget foglal magába, biztosítják az alternatív megélhetés fejlesztését klíma- és környezetbarát mezőgazdasági és kézművességi tevékenységek és megoldások révén. A program keretében 730 munkahelyet támogatnak, melyek 30%-át nők töltik be, illetve 27 fenntartható vállalkozás működését is segítik. Törekvéseiknek köszönhetően 2021-re a projekt 16,2 millió tonna szén-dioxid kibocsátást egyenlít ki.
A második nagy jelentőségű, természetalapú megoldásokat célzó program a Shell és a Permian Global vállalat társulásából született. A PG természetes erdei ökoszisztémák védelmébe és helyreállításába fektet be, az üvegházhatású gázok csökkentésének céljából. A két cég az indonéz Katingan Projekt támogatása érdekében fogott össze. A Közép-Borneó térségében elterülő tartományban munkálkodó természetvédők 34 helyi faluval működnek együtt azért, hogy csökkentsék a terület károsanyag-kibocsátását, védelmezzék a vadvilágot és populációt, illetve elősegítsék az érintett közösségek fenntartható fejlődését. A projekt tevékenységei között szerepel 157 000 hektárnyi tőzegmocsárerdő, 5-ös létfontosságú élőhelyek és kritikusan veszélyeztetett, illetve sebezhető fajok védelme. A program eredményét bizonyítja, hogy megkapta a Triple Gold Climate és a Közösség és Biológiai sokféleség státuszát is.
Annak érdekében, hogy tudatos vásárlóit is bevonja a természetvédelmi kezdeményezéseibe, a Shell idén tavasszal 15 ország után Magyarországon is bevezette Karbonsemlegesítési Szolgáltatását, melynek keretében azok a fogyasztók, akik a vállalat töltőállomásain tankolnak, literenként 6 forinttal önkéntesen hozzájárulhatnak a projektek támogatásához és ezzel ellensúlyozhatják szén-dioxid-kibocsátásukat. Az új szolgáltatás csak egyike azoknak a lépéseknek, melyeket az energiaipari óriás tervez, végső célkitűzésük ugyanis, hogy 2050-re nettó zéró kibocsátású vállalattá válnak, igazodva a változó társadalmi igényekhez. A cél elérése érdekében a Shell csökkenti a működéséből, illetve az általa értékesített üzemanyagokból és további termékekből származó kibocsátásokat. Emellett megmaradó kibocsátásait megfelelő technológiák segítségével kivonja és tárolja, illetve semlegesítés révén kiegyenlíti.