Az Állami Számvevőszék márciusi jelentésében számos kifogást tett az irányított betegellátási rendszer működésére, és felkérte a kormányt: számoltassa be az egészségügyi minisztert a szakmai és pénzügyi tapasztalatokról, s tegyen javaslatot a modellkísérlet sorsára.
A számvevők egyebek között kifogásolták, hogy az 1999-ben 159 ezer lakos gyógyítására, kilenc szervezővel indult modell közel kétmillió lakosra való bővítését nem előzték meg hatásvizsgálatok. Hiányosak a működés jogi szabályai, a tb költségvetésében nem szerepel e célra előirányzat. Az ÁSZ az 1999–2003 közötti megtakarítás címén kifizetett 5,5 milliárd forintból mindössze 1,9 milliárd felhasználására talált adatot a szervezőknél, a háziorvosoknak kifizetett megtakarítást pedig csupán három szervező kísérte figyelemmel.
Az ibr-ben az OEP a teljes lakosság egészségügyi kiadásai alapján számított fejkvóta szerint számol el a biztosítottak ellátását végző szervezőkkel. Az összeg tartalmazza a prevenciós, a szervezési díjat, valamint a megtakarításokat.
A szaktárca eleget tett az ÁSZ-jelentésnek, és azt javasolta a kormánynak, hogy zárják le az ibr modellkísérletként folyó működését, ám az értékes tapasztalatokat hasznosítsák. A minisztérium javaslata szerint a fejkvótát a jövőben nem az országos átlag, hanem az adott területen élők egészségügyi ellátásának költségei alapján számítanák ki, ezzel vélhetően csökkenne a megtakarítás. Ez utóbbi ugyanis komoly feszültségeket okoz az ibr-ben részt nem vevő egészségügyi intézeteknél.