A nemzetközi gyógyászati szabványok tiltják a kutatók petesejtjeinek felhasználását. A szöuli Egészségügyi Minisztérium azonban nem tartja magát vétkesnek az ügyben, mivel állításuk szerint a petesejteket önként adományozták, a professzor tudomása nélkül, még mielőtt Dél-Koreában életbe lépett volna a bioetikai törvény. Alkalmazottaktól petesejtet etikailag és jogilag is azért kockázatos begyűjteni, mert fennáll a személyes kényszerítés eshetősége.
Az 52 esztendős Hwang világszerte hírnevet szerzett az első klónozott emberi embriók előállításával, valamint a személyre szabható őssejtekkel. A tudomány elfogadja az emberi klónozást, amennyiben az embriókból begyűjtött őssejteket olyan kórok, mint a Parkinson-kór, a cukorbetegség vagy a szívbetegségek kezeléséhez használják fel. A Hwang által elért áttörést különösen fontosnak tekintették, mivel az általa létrehozott őssejtek tökéletes egyezést mutattak a páciensével, azaz a kezeléseknél nem kellett azzal számolni, hogy a test kivetné magából azokat. Ugyanakkor rengeteg támadója van az emberi embriók létrehozásának és a velük történő kísérletezéseknek, akik könnyen alááshatják a klónozással foglalkozó kutatók tekintélyét.
Hwang kutatásait folyamatosan beárnyékolták a petesejtek beszerzésével kapcsolatok vádaskodások, melyek korábban kizárólag hazáján kívülről érkeztek, azonban 2004-ben robbant a Nature beszámolója, annak a hallgatónak az állításai alapján, akinek petesejtjeit a kutatócsoport tagjaként Hwang felhasználta. Később a hölgy visszavonta nyilatkozatát, viszont két héttel ezelőtt Hwang egy újabb munkatársa, a neves amerikai kutató, Gerald Schatten bontotta fel együttműködési szerződését a professzorral, mondván nem tetszik neki az az eljárás, ahogy a kutatócsoport az emberi petesejteket előállította.
Amikor 2004 májusában a Nature magazin a petesejtek eredetéről kérdezte a koreai tudóst, Hwang tagadta, hogy saját kutatóitól származnának. Csütörtökön egy sajtótájékoztatón azonban bevallotta, hogy nem mondott igazat. Elmondása szerint két női munkatársa ajánlotta fel petesejtjeit, ő azonban elutasította azokat, később viszont hamis névvel, a tudta nélkül mégis bekerültek a petesejtek a kutatásba. Amikor felszínre került az ügy vizsgálatot rendelt el, újra csak hazudott a Nature-nek, állítása szerint azért, mert ezt kutatói kérték, magánéletük védelmében. Az Egészségügyi Minisztérium most elismerte, hogy több nőnek is jelentős összegeket fizettek ki petesejtjeikért.
Ezek azonban mind Hwang professzor tudomása nélkül történtek, még mielőtt az új törvény kizárta volna az emberi petesejtek kereskedelmét. Ugyancsak pénzért vásárolt petesejteket a kísérletek számára Sun Il Roh, aki Hwang 2005-ös publikációjának társszerzője is egyben. Húsz nőnek egyenként 1,5 millió wont, azaz valamivel több mint 1400 dollárt fizetett petesejtjeikért, ami szerinte nem nagy összeg, ha figyelembe vesszük, hogy 8-10 napon át naponta injekciókat kapnak donorjai.
A professzor bejelentése szerint minden kormányzati és társadalmi posztjáról lemond, amibe beletartozik a gyógyászati kutatásokat őssejtekkel ellátó Őssejt Világközpontjának elnöki széke is. Töredelmesen bocsánatot kért, amiért áthágta a jogi és etikai határokat, tettét azzal magyarázva, hogy túlságosan is a tudományos fejlesztésekre összpontosított, ezért nem figyelt kutatásai etikai vonzataira.