A megszűnésről szóló döntés néhány héttel azután született meg, hogy az ügyészség nyomozást rendelt el az alapítvány támogatási gyakorlatával kapcsolatban. A Mol szerint a lépés hátterében a megváltozott jogszabályi környezet áll.
Az ügyészség szerint nem zárható ki bűncselekmény gyanúja a Mol – Új Európa Alapítvány támogatásai körül, ezért nyomozás indulhat a korábban elutasított feljelentés nyomán.