Ma a hüllőket úgy tartjuk számon, mint négylábú magzatburkos gerinces állatok. A klasszikus álláspont szerint a hüllők közé tartozik valamennyi magzatburkos állat, a madarak és az emlősök kivételével.
Tehát a hüllők úgy definiálhatók, mint a krokodilok, aligátorok, hidasgyíkok, gyíkok, kígyók, ásógyíkalakúak és teknősök csoportja, amelyek együttesen a hagyományos Reptilia osztályt alkotják.
Egyes taxonómusok azonban nemrégiben felvetették, hogy a hüllőket, minden leszármazottját beleszámítva monofiletikus – egy őstől való leszármazott – csoportként lehetne kezelni. A fenti definíció szerint ugyanis, a madarakat és az emlősöket elkülönítve tartják számon, habár mindkét csoport az ősi hüllőkből fejlődött ki.
Az emlősök saját kládot alkotnak ebben az értelemben. Úgy nevezik őket, hogy Mammalia. A hagyományos definíció szerint azonban a hüllők nem alkotnak kládot, csupán egy, az Amniota kládba tartozó szekciót. A hüllőket a hiányok alapján lehet csak meghatározni a kladisztika szerint, mint magzatburkosok, amelyeknek nincs szőre, sem tollai.
Egy másik feltevés alapján a hüllők egy csoportba – taxonba – tartoznának a madarakkal és az emlődökkel. A biológusok egy része szerint a négy fő rend közös jellemzői fontosabbak a kapcsolataiknál, továbbá szerintük a madarakat és az emlősöket is tartalmazó Reptilia rend már zavaróan eltérne a hagyományos rendszertől.
Praktikusabb biológusok csillaggal jelölik a hüllőkkel hasonló problémás csoportokat. Tehát a nevük megmarad, és így fog kinézni: Reptilia*. A Reptilia*, a hüllők tehát a röpképtelen, nem emlős magzatburkosokat fogja jelölni.
