A békés politikai átmenetet kidolgozó nemzeti kerekasztal-tárgyalásokon a legtöbb sarkalatos kérdésről már 1989. szeptember 18-án megszületett a megállapodás, de nyitva maradt, hogy ki és mikor válasszon köztársasági elnököt. Az MSZMP – a népszerű Pozsgay Imre miatt – ragaszkodott ahhoz, hogy a nép szavazzon még a parlamenti választások előtt, de az SZDSZ a népszavazást az országgyűlési választások utánra tolta volna. Az Országgyűlés – még régi összetételében – októberben elfogadta az úgynevezett sarkalatos törvényeket, az Alkotmány módosításával létrehozta a köztársasági elnöki intézményt. Az államfő megválasztásáról rendelkező külön jogszabály úgy rendelkezett, hogy az államfőt először a nép, később az Országgyűlés választja meg, az elnökválasztás időpontját pedig később tűzik ki.
1989. október 23-án Szűrös Mátyás, az Országgyűlés elnöke az Országház erkélyéről kikiáltotta a Magyar Köztársaságot. Ő lett az ideiglenes államfő. A parlament az SZDSZ által négy kérdésben kezdeményezett népszavazást november 26-ára írta ki, 1990. január 7-ére pedig kitűzte az elnökválasztás első fordulóját azzal a megkötéssel: ha a november 26-án a többség igennel voksol, akkor az államfőt az új parlament választja meg.
A „négyigenes” népszavazáson az elnökválasztás kérdésében 6101 vokssal győztek az igenek, így a januári közvetlen elnökválasztás elmaradt. Újabb fordulatként 1990. március 1-jén a képviselők név szerinti szavazáson úgy módosították az Alkotmányt, hogy az államfőt négy évre, közvetlenül választják.
A Göncz Árpád Alapítvány honlapján található idézetek szerint a volt államfőnek valójában mindegy lett volna.
A hatalomhoz való viszonyunk az, amin megmérettetünk. Azon, hogy ki mire használta. És hogyan.
Bizalmat visszaadni nem, csak elvenni lehet. Ha a népszavazás úgy dönt, hogy a Köztársaság elnökét a nép közvetlenül választja, vállalom a megmérettetést; ha úgy, hogy az elnökválasztás joga a tisztelt Házat illeti, magától értetődően elfogadom a Ház döntését. (1990-es népszavazásról elnökjelöltként. Magyar Országgyűlés. 1990. július 2.)
Átlagmagyarként hódított
Az új Országgyűlés 1990. augusztus 3-án az előírt kétharmadosnál jóval nagyobb többséggel Göncz Árpádot választotta meg köztársasági elnöknek. Erkölcsi és politikai késztetést érzett arra, hogy „plebejus” államfő legyen,
aki a magyar politikai élet színpadára képes visszahozni a mosolyt, – mert anélkül nemcsak politizálni, hanem élni sem lehet.
Minden döntésénél mindkét fél, kormány és ellenzék szempontjait is figyelembe akarta venni, mert nemcsak tisztének, hanem kötelességének is érezte az egyensúly őrzését, a mérsékletet, a politikai jó modor meghatározását.
Nézzék el, hogy nem mondom el mindazt, amit manapság mondani illik – nem beszélek a múlt bűneiről, a hibákról, amiket elkövettünk – igenis mi, mindannyian, még ha a bűnökben, hibákban nem is egyaránt osztozunk, hiszen féltünkben magunk is eltűrtük, tudomásul vettük, ami történt, mert emberek vagyunk, esendők, a történelmet nem mi csináljuk, hanem a történelem formál mibennünket, s mert a történelem jégverése ellen nem kötöttünk biztosítást.
1994-ben átlagmagyarnak nevezte magát, mert úgy gondolta, ugyanazért dühös, ugyanazt érzi, ugyanazért hatódik meg, mint mindenki más – nem véletlen, hogy a rendszerváltozás utáni legnépszerűbb közéleti személyiség és politikus volt. Göncz Árpádot 1995. június 19-én újraválasztották, akkor volt egy ellenfele is, az MDF, a Fidesz és a KDNP Mádl Ferencet jelölte. Göncz akkor 259 szavazatot kapott.
Elnöki periódusai alatt kétszer került igazán kellemetlen helyzetbe. A taxisblokád háromnapos válsághelyzetet eredményezett 1990. október 25. és 28. között, az utolsó napon főparancsnokként nem adott engedélyt a hadsereg bevetésére. Sőt, ő nyújtotta be a közkegyelem gyakorlásáról szóló törvényt a parlamentnek, mivel több ezer taxist kellett volna elítélni.
1992. október 23-án kifütyülték a Kossuth téren (máskor is, de ez volt a legemlékezetesebb) – beszédét nem mondta végig. Ekkor már érezhető volt a feszültség Antall József és közte, mivel a miniszterelnök kérése ellenére nem váltotta le a Magyar Televízió (Hankiss Elemér) és a Magyar Rádió (Gombár Csaba) elnökét, és felülvizsgáltatta az Alkotmánybírósággal a kárpótlási, az igazságtételi és a frekvencia-gazdálkodási törvényt is.
…a Magyar Rádió és a Magyar Televízió alapfeladatainak ellátására képtelenné vált…, és ezzel a magyar választók elesnek a szabad véleménynyilvánítás lehetőségétől.
(Göncz Árpád: Levél Antall Józsefhez. Magyar Hírlap, 1993. november 2.)
Az ellenzék szerint bőrfejűek és fasiszták fütyültek a téren, a kormánypárt szerint csak a politizáló elnököt kritizálták. Orbán Viktor három nappal később ezt mondta a Parlamentben.
Most azonban Göncz Árpádot a Kormányt éltető, fasiszta skinheadek fütyülték ki, és a FIDESZ megítélése szerint ilyen esetben demokrata politikusok között a szolidaritás kötelező. Nem önmagában néhány száz skinheadtől fél ez az ország, hanem úgy gondoljuk, az ország attól tart, hogy a Kormány gyanúba hozható, és összjátékkal vádolható meg: a szélsőjobboldali erőszakos csoportokkal való együttműködés vádjával.
Göncz Árpád elnökként (1990-től 2000-ig) az ország legnépszerűbb politikusa volt. Talán azért, mert többé-kevésbé az ország nagypapáját mintázta.
Erről így vélekedett.
Valahol a népszerűség igazi titka, ha az ember nem igazodik mindig a népszerűség követelményeihez. (…) Amikor elnök lettem, azt hitték, hogy mazsola leszek a kalácsban. Aztán kiderült, hogy kavics.
(Göncz – Göncz Árpád portréfilm 2002 rendező: Papp Gábor Zsigmond)
Göncz Árpád születésnapján tavaly kezdte meg munkáját a róla elnevezett alapítvány, amelyet gyermekei hoztak létre. A Göncz Árpád Alapítvány kuratóriumába tagnak az alapítók ifjabb Bibó Istvánt, Gulyás Andrást és Rainer M. Jánost kérték fel. Az alapítvány honlapján számos dokumentum, kép, mozgó és hangzó anyag mutatja be Göncz Árpád életét, politikusi, írói, műfordítói tevékenységét.