A vállalatot – sok más versenytársához hasonlóan – súlyosan érintette az üzemanyag árának meredek emelkedése, miközben az utazási kedv lanyhult. A Spanair charterjáratain elsősorban turisták utaznak, akik érzékenyebben reagálnak a jegyár emelésére, mint az üzletemberek. Emiatt már az első félévben 55 millió eurós vesztesége keletkezett a vállalatnak, ami az anyavállalatot, a SAS skandináv légitársaságot is a veszteségzónába repítette. A vállalatnak legalább 300 millió euró tartozása van.
A madridi repülőtéri katasztrófa miatt megingott a bizalom Spanyolország második számú légitársasága iránt: visszaestek a jegyeladások, és várhatóan komoly kártérítést kell kifizetnie a társaságnak az áldozatok hozzátartozóinak. Ágazati elemzők szerint a cég aligha menekülhet meg a csődtől, és az anyavállalat is igencsak törheti a fejét, mit tegyen veszteséges leányvállalatával.
Jelentős fejlesztésekre lenne szükség a Spanairnél, hiszen 65 gépből álló flottájából 36 az olyan “kerozinfaló” MD-82-es modell, amely a madridi repülőtéren balesetet szenvedett. A flottát takarékosabb gépekre kellene cserélni, de ez többmilliárdos beruházást igényelne. Ezért is döntött az anyavállalat az eladás mellett, majd e terv meghiúsulása után nagyszabású takarékossági programot hirdetett meg jelentős elbocsátásokkal és járatritkításokkal, illetve több gép – köztük a szerencsétlenül járt MD-82-es – forgalomból való kivonásával.
