A II. András uralkodása (1205-1235) alatt Bertalan püspök által emeltetett Szent Bertalan-templom eredetileg egy egyhajós épület lehetett, mely a század végén a város jó részével együtt, a Mizse nádor megrendelésére indított tűzben súlyosan megsérült.
1335-ben lett kész a helyére épített gótikus, támpilléres templom, melyet a XV. század végén háromhajóssá bővítettek, szentélye pedig félköríves lett.
1543. június 22.-én aztán bevették a törökök a várost, az épületet pedig egyszerűen egy fallal megfelezték – egyik oldalon a törökök, a másikon pedig a magyarok imádkozhattak.
Az épületet rövidesen lebontották, majd köveiből – és az egykori épületben lévő kincsekért kapott pénzből – építették fel a ma is látható dzsámit, mely a török 1686-os kiűzése után a jezsuitákhoz került.
A lassan folyó átalakítások (1702-ben alakították csak keresztény templommá) után lassan a belső tér is megújult (bár ma is kitűnően láthatóak a Korán-feliratok és a török díszek), sőt, a meggyengült kupolát is megerősítették. Ekkor készült el a kápolna, a sekrestye és a déli bejárat is.
1766-1770 közt lebontották a részben már leomlott, meggyengült minaretet, helyét pedig egy barokk torony foglalta el, de az északi főfalra is helyeztek egy kis kupolát, egy új kápolnát, valamint barokk előcsarnokot és lépcsős feljárót kapott.
A jezsuiták azonban nem örülhettek sokáig az immár teljesen kereszténnyé formált épületegyüttesnek, hiszen rendjüket 1773-ban feloszlatták, a templom pedig a királyi kincstár tulajdonába, onnan pedig a ciszterciekhez került.
Külső képe legközelebb 1823-1829 közt változott, a megújult épületet pedig Gyertyaszentelő Nagyboldogasszonynak ajánlották. Kupoláját és tornyát 1899-1906 közt neoreneszánszra frissítették.
Ebből a korból már természetesen fotók is fennmaradtak – ilyen volt tehát a pécsi Széchenyi tér egy évszázaddal ezelőtt:
A két világháború közt felmerült az eredeti állapot visszaállításának lehetősége, így Körmendy Nándor 1939-ben leadott terveit követve lebontották a tornyot, az előcsarnokot és a lépcsősort, majd az északnyugati oldalon félkör alakú, modern toldást kapcsoltak a templomhoz. A változás szembetűnő, hiszen ebből:
Lett ez:
Kupoláját Nendtvich Andor tervei szerint félgömbkupolává alakították vissza, hiszen ez közelebb áll az eredetihez.
