Hamis SMS
A katasztrófát követően egy SMS járta be a világ médiumait. Közvetlenül a zuhanás előtt küldött üzenetben azt írta egy férfi az unokatestvérének, hogy búcsúzom tőled, mindannyian megfagyunk. Ez az SMS volt a nyomozás egyik alapja. Hétfőre viszont kiderült, hogy a mobiltelefonos üzenet nem létezik. A rokon bevallotta, hogy csak kitalálta az SMS-t, ezek után a hatóság félrevezetése miatt letartóztatták.
Csak a feketedoboz vizsgálata után lehet biztosat mondani arról, hogy mi történhetett a vasárnap lezuhant Helios-repülőgéppel. Deák Péter biztonságpolitikai szakértő szerint még mindig homály fedi az esetet. A Ciprusról Prágába tartó gép Athénban akart leszállni egy rövid időre, vélhetően már akkor észleltek valamiféle hibát vagy veszélyt, ezért jelezték a gépről, hogy megszakítják útjukat. Az athéni légiirányító torony azonban elvesztette a kapcsolatot a géppel, ezért küldtek F-16-os vadászgépeket felkutatására. Deák rámutatott arra, hogy a légikalózkodás, légtérsértés, de a nagy légi forgalom miatt is fel kell készülnie minden országnak arra, hogy minden repülőt tudjon légterében figyelni. A Figyelőnetnek nyilatkozó szakértő szerint érthetetlen, hogy a felderítő pilóták miért nem találták meg gyorsabban a gépet, és miért szakadt meg a kapcsolat. Navigációs vagy légtérirányítási hiba is előfordulhatott, véli szakember, aki viszont elképzelhetetlennek tartja, hogy lelőtték volna a gépet, mert akkor már a levegőben felrobbant volna.
A katasztrófát követően több találgatás is megjelent. Az egyik szerint a pilóták ételmérgezést kaptak, de ennek ellentmond, hogy különböző ételeket kell fogyasztaniuk. Később a híradásokban egy esetleges terrorista akció lehetősége is felmerült, hiszen a vadászpilóták látták, hogy az összegörnyedt másodpilótán kívül két utas is a pilótafülkében tartózkodik. A terrortámadás lehetőségét azonban hamar kizárták. Vasárnap este a rendőrség azt közölte, hogy a gép nyomáskiegyenlítője vagy légkondicionáló berendezése romolhatott el. A hivatalos szervek vasárnapi tájékoztatása szerint az utasok még a levegőben lévő gépen megfagytak, ám az okokról nem tudtak biztosat mondani, miként arról sem, hogy ki irányította a gépet.
Ugyanis ha a robotpilóta vezette a gépet, az mindaddig a levegőben marad, amíg van üzemanyag, így magától nem zuhanhatott volna le az utasszállító. Az azonban tény, hogy a Boenginek van olyan a robotpilótája, mely automatikusan kikapcsolja a kormányzást, ha emberi beavatkozást érzékel, s ez megtörténhet akkor is, ha például a kapitány rádől a kormányra. Ha viszont valóban voltak utasok a pilótafülkében, ez megmagyarázná, hogy miért nem a robotpilóta vezette a gépet, és miért ütköztek a hegynek.
Az eddig megválaszolatlan kérdések közé tartozik az is, hogy a pilóták miért nem vették fel az oxigénmaszkjukat, és miért nem hoztak gyors döntést akkor, amikor észlelték a légkondicionáló meghibásodását.
Az ellentmondások sorát tovább bővíti, hogy a legfrissebb híradások szerint nem halt meg mindenki még a levegőben. A repülőgép utasai közül hatan még életben voltak, amikor a gép a földbe csapódott. Annyi biztos, hogy a rendőrség házkutatást tartott a légitársaság két irodájában, hogy nehogy eltüntessenek olyan dokumentumokat, amelyek a légikatasztrófa okait megvilágíthatnák.