1. A sejtekből kivont DNS-t speciális enzimekkel különböző hosszúságú darabokra hasítják.
2. A DNS-t baktériumokba juttatják, amelyek megsokszorozzák a molekulákat, így már elegendő minta áll rendelkezésre az analízishez.
3. A DNS-szakaszok 4 különböző oldatba kerülnek, amelyekben a genetikai kódot alkotó 4 különböző molekulát eltérő színű fluoreszkáló festékkel jelölik meg.
4. A megjelölt DNS-darabokat géllel töltött csövekben elektromos áram segítségével a méretük szerint választják szét.
5. A DNS-szakaszok a méretüknek megfelelő helyet foglalják el a gélben, most már csak a megjelölt építőkövek azonosítása van hátra. Ezt lézeres műszerrel végzik el.
