Csak kisebb hiányosságokat állapított meg az Állami Számvevőszék a Pázmány Péter Katolikus Egyetem (PPKE) és a Károli Gáspár Református Egyetem (KRE) 2009 és 2013 közötti időszakra vonatkozó gazdálkodását vizsgálva. A számvevők az intézmények rektorainak fogalmaztak meg javaslatokat, amelyek alapján intézkedési tervet kell készíteni, ezek végrehajtását utóellenőrzés során értékelhetik.
Az MTI-hez pénteken eljuttatott összegzés szerint a PPKE bölcsészettudományok, hittudományok, műszaki tudományok, társadalomtudományok és természettudományok területén folytat képzést. A hallgatói létszám 2013-ban 7910 volt, ami 11,5 százalékkal alacsonyabb a 2009-es évinél, a munkaviszonyban lévő oktatói, kutatói létszám pedig 396-ról 363-ra csökkent. A PPKE az ellenőrzött időszakban összesen 18,3 milliárd forint költségvetési támogatást kapott.
A PPKE ellenőrzése során az ÁSZ megállapította, hogy az egyetem belső szabályozottsága az ellenőrzött időszak alatt évente és összességében megfelelő volt. A minisztérium és a PPKE jogszabályi előírással összhangban az ellenőrzés alá vont évek mindegyikében finanszírozási megállapodást kötött az államháztartásból juttatott normatív és egyéb támogatásokra, az azok felhasználására vonatkozó intézményi döntések és éves elszámolások megfeleltek az előírásoknak. Az ellenőrzés a számviteli szabályok betartásánál tárt fel hiányosságokat.
Kitértek arra, hogy 2010 és 2013 között a hallgatói juttatások kifizetése, 2013-ban a személyi jellegű kifizetések szabályszerűek voltak. A kötelezettségvállalások ellenjegyzése az anyagjellegű ráfordításoknál 2009 és 2013 között, a beruházási, felújítási kiadásoknál pedig 2010-ben és 2013-ban nem történt meg. Az anyagjellegű ráfordításoknál 2009 és 2012 között, a beruházási, felújítási kiadásoknál 2009-ben, 2010-ben és 2012-ben elmaradt az utalványozás, illetve az utalványozás ellenjegyzése.
A KRE 2009 és 2013 között kilenc területen folytatott felsőfokú képezést, három területen pedig doktori képzést. A hallgatói létszám 2013-ban 5571 volt, ami 26,7 százalékkal magasabb a 2009-es évinél, az oktatói, kutatói létszám 407-ról 361-ra csökkent. A KRE az ellenőrzött időszakban összesen 7,9 milliárd forintos költségvetési támogatást kapott.
Az egyetem ellenőrzése során az ÁSZ megállapította, hogy az intézmény belső szabályozottsága az államháztartásból nem hitéleti célra nyújtott költségvetési támogatások felhasználására vonatkozóan megfelelő volt. A minisztérium és az egyetem az ellenőrzés alá vont évek mindegyikében kötött finanszírozási megállapodást.