A környezetvédelmi tárca közleménye szerint az intézmény megszüntetésére a környezetvédelmi igazgatás szervezett rendszerének korszerűsítése miatt kerül sor. A kormány november elején elfogadott rendelete alapján külön választják a tárca és intézményeinek hatósági funkcióit a középirányítói, végrehajtó és a döntéseket előkészítő feladatoktól. Ez utóbbi tevékenységek elvégzésére – önállóan gazdálkodó központi költségvetési szervként – jövő év január 1-jétől megalakul az Országos Környezetvédelmi, Természetvédelmi és Vízügyi Főigazgatóság. A KGI feladatait részben az újonnan alakuló intézmény, illetve a gazdasági társaságból hamarosan közhasznúvá alakuló VITUKI Rt. veszi át. E két intézmény tovább foglalkoztatja a megszűnő KGI szakember-gárdájának legnagyobb részét.
