Miközben természetesen a középkori Magyar Királyságban is dolgoztak már magyar orvosdoktorok, ők jellemzően magániskolákban, külföldi egyetemeken tanulták ki a mesterséget, a magyar egyetemeken hivatalos orvosi fakultás nem működött, bár vannak arra vonatkozó adatok, hogy például az óbudai egyetemen a 15. században képeztek orvosokat.
A helyzet természetesen nem javult a török hódítás és a három részre szakadt ország korában sem. Erdélyben ugyan elsősorban Bethlen Gábor fejedelem intézkedései nyomán létrejött valamiféle orvosi alapképzés például Gyulafehérváron, a királyi Magyarországon a medicina iránt érdeklődők továbbra is arra kényszerültek, hogy külföldön folytassák a tanulmányaikat, esetleg egy-egy jeles orvos mellé szegődve, magánúton szerezzék meg a szükséges ismereteket.
Öt tanszékkel indult
Ezek a kerülőutak azonban nem helyettesíthették az egyetemi szintű, hivatalos orvosképzést. Ezt szorgalmazta Perlitzi János Dániel, Nógrád megye főorvosa is 1751-es, Márai Teréziához intézett kérelmében, amelyben részletesen elemezte azokat a gazdasági és egészségügyi károkat, amelyet ez a hiányosság okoz az országnak. Szerencsére a királynő, illetve a bécsi orvosképzést is megújító főorvosa, a holland származású Gerard van Swieten is belátta az igény jogosságát.
Mária Terézia előbb 1769 nyarán királyi rangra emelte – gyakorlatilag állami irányítás alá vonta, de egyúttal fenntartását is állami hatáskörbe helyezte – a nagyszombati egyetemet, majd 1769. november 7-én kiadott rendeletével az egyetemen egy orvosi kar felállítását is előírta. Az új fakultás Van Swieten útmutatásai alapján,
Az orvosképzés időtartamát Van Swieten felfogása szerint kezdetben nem szabályozták. Egy 1774-es rendelet szabta meg először az orvosok képzési idejét, ami ekkor 5, majd az 1786-os tanulmányi rend szerint csak 4 év volt.
A nagyok is elfogadták
Hiába épült az új karnak 1772-ben egy saját épület is, az egyetemet már 1777-ben Budára költöztették, igaz, ez több szempontból is előnyös volt az intézmény számára: többek között jóval könnyebben tudta a fakultás beszerezni az oktatáshoz szükséges holttesteket, illetve saját botanikus kertet is létesítettek. Növekedett a tanszékek száma is, II. József idején pedig már a környező, nagy múltú orvosi egyetemek is elfogadták velük egyenrangúnak a magyar fakultáson kiadott diplomákat.
Ha a lemaradást nem is sikerült maradéktalanul behozni, az egyetemi kar sokat lendített a magyar orvosképzésen, és ma Semmelweis Egyetemként már a világ minden tájáról fogad hallgatókat.
