A 202 centis, 38 éves csatár 2009-ben köszönt el a nemzeti csapattól – melyben 55 góllal vezeti az örökranglistát -, azóta a francia harmadosztálybeli Cannes-nál vezetett le. Hétfőn közölte, hogy csípősérülést szenvedett, és már nem tér vissza a pályára.
A 2004-ben Európa-bajnoki bronzérmes Koller karrierje során megfordult a Sparta Prahában, a belga Lokerenben és Anderlechtben, a német Borussia Dortmundban és Nürnbergben, a Monacóban és az orosz Krilja Szovjetov Szamarában is.
A cseh nemzeti együtessel részt vett a 2000-es, a 2004-es, valamint a 2008-as kontinenstornákon. Világbajnokságon egyszer szerepelt hazája válogatottjával, a 2006-os németországi seregszemlén a csoportból sem jutott tovább Csehország.
Koller egyetlen vb-gólja:
A cseh góllövő örökranglista:
1: Jan Koller 55 gól
2: Milan Baros 39 gól
3: Vladimir Smicer 27 gól
4: Pavel Kuka 22 gól
5: Tomás Rosicky 20 gól
