Az egykori pakisztáni államfőnek a bíróság szerint köze lehetett Benazir Bhutto volt pakisztáni kormányfő meggyilkolásában.
Benazir Bhutto életét 2007. december 27-én egy öngyilkos merénylő oltotta ki Ravalpindi városában, választási kampányának egyik nagygyűlése után, két hónappal azt követően, hogy ellenzéki vezetőként hazatért száműzetéséből. Az előző pakisztáni kormány és a brit rendőrség által lefolytatott vizsgálat egy, az al-Kaidához kötődő szélsőségest vádolt meg a gyilkossággal. Bhutto környezete azonban nyíltan arra célzott, hogy Musarrafnak és szövetségeseinek közük volt a merénylethez.
