Morales és az egyház között azután vált feszültté a viszony, hogy a januárban beiktatott baloldali bolíviai államfő támogatta oktatási miniszterének, Felix Patzinak indítványát a katolikus iskolai oktatás korlátozásáról. Bolíviában az alkotmány a katolicizmust hivatalos vallásnak ismeri el. Kormányilletékesek védelmükbe vették a javaslatot, hogy világiasabbá tegyék az oktatást az országban, egy katolikus főpap viszont arra szólította fel a lakosságot, hogy vonuljanak az utcára „vallásos hitük védelmére.”
Nem a vallásos hitet vitatjuk, de úgy tűnik, a katolikus egyház hatalma a kérdés – jelentette ki Morales a Reuters Televíziónak adott interjúban. Az ajmara indián Morales gyakorló katolikusnak vallja magát, miként Bolívia lakosságának kétharmada.
Dél-Amerika legszegényebb országában a katolikus egyháznak jelentős a befolyása, nemcsak a hitéletben, hanem gyakran közvetít politikai és munkaügyi vitákban. Morales azonban most úgy ítélte meg, hogy az egyházi vezetőket „oligarcha csoportok manipulálják”, hogy aláássák a fél éve működő baloldali kormányt. Hogy enyhítse a nézeteltéréseket, az elnök kijelentette: támogatja a katolikus vallásoktatást, ha a többi világvallást is tanítják az iskolákban.