Minden olyan projektgazdát kedvezőtlenül érint az általános forgalmi adó emelése, amely a projekt egészére vagy egy részére nem rendelkezik áfalevonási joggal. Eltérő mértékben ugyan, de minden operatív programot érinthet az áfa emelése, mivel az mind az eszközbeszerzéseket, mind az igénybe vett szolgáltatásokat terheli. Hogy a költségnövekedést kiküszöböljék, az NFÜ kompenzál. Attól függően, hogy mikori a projekt, ebben eltérések lehetnek.
Így kompenzálják
Ha a pályázó már rendelkezik támogatási szerződéssel, illetve támogatói okirattal, akkor a kompenzációt a támogatási szerződés módosításával kérheti, a közreműködő szervezeten keresztül legkésőbb a záró kifizetéskor.
Amennyiben a pályázó támogatási döntéssel már rendelkezik, és projektjét még 2009. július 1-je előtt (20 százalékos áfával tervezve) vagy 2009. július 1-je és 2011. december 31-e között (25 százalékos áfával tervezve) nyújtotta be, akkor a költségvetése áttervezésre kerülhet, 27 százalékos áfával és magasabb támogatási igénnyel.
A 2012. január 1-je előtt már benyújtott, de támogatási döntéssel még nem rendelkező projekteknél a döntéskor automatikusan megemelik 1,6 százalékkal az elszámolható költségkategóriák összegeit (ha 25 százalékos áfával számolt a pályázó) vagy 5,83 százalékkal (ha 20 százalékos áfával tervezett a pályázó).
Ha pedig a támogatási szerződéssel még nem rendelkezik a pályázó, és így tart igényt a megemelt támogatási összegre, akkor a támogatási szerződés megkötéséig át kell dolgoznia a költségvetését az áfanövekmény tervezett összegével és nyilatkoznia kell róla, hogy az elszámolható költség megemeléséből adódó megemelkedett önrész, illetve – amennyiben releváns – biztosíték rendelkezésére áll.
