A szójából készült ételek esetenként kiütéssel, hasmenéssel és lázzal járó allergiás reakciót váltanak ki, fogyasztásuk ezért az öt éven aluli kisgyermekek, vagy az erre érzékeny felnőttek számára nem ajánlott.#<# Az allergiát a szója nagyméretű fehérjéi okozzák, ezek közül is leggyakrabban a P34 nevű. A kellemetlen tünetek pedig jórészt arra vezethetők vissza, hogy az Ázsiából származó növényhez az európai gyomor még nem alkalmazkodott. Akár felére is csökkentheti azonban az allergiás esetek számát az a génmódosított szója, amelyet a Pioneer Hi-Bred állított elő: a cég genetikusai hatástalanították a növény sejtjeiben az immunrendszert stimuláló fehérjét kódoló gént. A szóban forgó örökítőanyag-szakaszt nem távolították el, hanem “elhallgattatták”, méghozzá úgy, hogy eközben a szója többi, értékes fehérjéinek mennyisége nem változott. Ezek szerint a P34 nem létfontosságú a növény számára, azt azonban, hogy mi is lehet valódi funkciója, egyelőre még nem sikerült megállapítani.
Ahhoz, hogy egy ilyen génmódosított változatot az amerikai élelmiszer és gyógyszerfelügyelet (FDA) emberi fogyasztás céljaira is engedélyezzen, még számos állatkísérletre és később önkéntesek bevonásával végzett tesztekre lesz szükség. Teljesen allergén-mentessé azonban csak akkor válik majd a módosított fajta, ha további két, kevésbé agresszív fehérjét is hatástalanítanak benne. Ezt azonban már jóval könnyebben, akár hagyományos keresztezéssel is el lehet érni: a szója vadon élő változatai közül ugyanis néhányból hiányoznak ezek a proteinek.