En bref, en cas de « deuxième », on parle de plus de 2 éléments (pluriel). Dans l’autre cas, « second », on parle seulement de 2 éléments (duel).
Par exemple : le deuxième doigt des cinq.
Mais il y a des expressions dans la langue française comme « de seconde main » ou « de second choix ».
Dans l’utilisation de tous les jours, l’emploi de « deuxième » ou de « second » correspond à un choix strictement personnel du locuteur.