A 2006-ban elnyert támogatás szabályosságát, jogosságát a Kormányzati Ellenőrzési Hivatal vizsgálati jegyzőkönyve több pontban megkérdőjelezi.
Az Omninvest Kft. közleménye szerint 2010 tavaszán tudomásukra jutott, hogy az Európai Bizottság Versenypolitikai Főigazgatósága vizsgálatot folytatott a támogatással kapcsolatban, amely megállapította, hogy annak a kutatási tevékenységnek az elszámolása, amelyre a támogatást kapták, egy uniós előírásba ütközik. Ezt az előírást azonban 2006-ban még nem ültették át a magyar jogrendbe, így a szerződők előtt nem volt ismert – hangsúlyozza a dokumentum.
A magyar vakcinagyártó közleménye szerint mindezek ellenére azért vállalják a cég új tulajdonosai a támogatási összeg visszafizetését, mert meg kívánják őrizni a cégnél meglévő több száz munkahelyet. Ezen kívül azért döntöttek így, mert “nem akarják abba a helyzetbe hozni a magyar államot, hogy konfrontálódnia kelljen az Európai Unióval a pályázati kifizetések elszámolása során”.
Az Omninvesttel kapcsolatos egyik fő vád az, hogy saját cégét bízta meg a pályázatban vállalt kutatás-fejlesztés elvégzéséhez, holott az előírások értelmében ehhez csak független piaci szereplő szolgáltatását lehetett volna igénybe venni.
