A Fővárosi Főügyészség szerint Benedek Fülöp 2005 és 2007 között több alkalommal jogosulatlanul engedélyezett protokoll vadásztatást három gazdasági társaság részére, továbbá közreműködött abban, hogy a Nemzeti Földalapkezelő Szervezet több millió forint értékben vásárolt facsemetéket magánszemélyek részére.
A volt államtitkár részletes vallomást tett az ügyészségen, de tagadta, hogy bűncselekményt követett volna el és panaszt tett a gyanúsítás ellen. Az ügyészségi nyomozók több helyszínen házkutatást tartottak és iratokat, valamint számítástechnikai adathordozókat foglaltak le.
Benedek Fülöpöt egy másik ügyben 2009 decemberében nem jogerősen másfél év, három év próbaidőre felfüggesztett börtönbüntetésre ítélte hivatali visszaélés miatt a Heves Megyei Bíróság. Mellékbüntetésként a bíróság 3 millió forint pénzbüntetéssel sújtotta a vádlottat.
A bíróság határozata szerint Benedek Fülöp 2006 elején hivatali és eljárási jogait túllépve a felügyelete alatt működő hivatalok alkalmazottainak közvetlen utasításával és törvénytelen eszközökkel segítette, hogy egy pákozdi állami földterület külföldi kézbe kerüljön.
Benedek Fülöp 2010 januárjától Csányi Sándor, az OTP Bank Nyrt. elnök-vezérigazgatója elnöki főtanácsadójaként dolgozik.
