Kevéssé emlékezetes, de maga a felújítás is késéssel indult. Eredetileg 2009 májusában hozzá kellett volna kezdeni, végül, a Szabadság-híd felújításának elhúzódása miatt augusztus végéig vártak vele. (A befejezés is eredetileg 2010 májusa lett volna).
Már a megkezdése előtt kiderült azonban, hogy a rá szánt 13 milliárd forint kevés lesz. A felújítás első botránya volt, amikor kiderült, hogy a sokáig kommunikált összegnél csak jóval többért, 26 milliárd forintért vállalta a munkát a kivitelező. Ennek kapcsán, még a megítélt 6 milliárd forint uniós támogatás is veszélybe került, mivel a jelentősen megemelkedett költségvetés miatt, kiemelt beruházássá vált a hídfelújítás, amelyhez már brüsszeli jóváhagyás kellett. Végül a főváros az utolsó pillanatban megszavazott egy plusz 17,1 milliárdos csomagot, amellyel a projekt összköltsége 30 milliárd forint fölé emelkedett.
Botrányosra sikeredett a megismert felújítási tervek alapján a bicikli utak kialakítása is. Az eredeti felújítási terveken mindkét – az északi és déli oldalon – is lett volna külön bicikli sáv, mint kiderült azonban, a déli oldalit kihúzták róla. (Műemlékvédelmi és műszaki okokra hivatkozva.) Ennek nyomán demonstrációt tartottak a kerékpárosok a hídon és elérték, hogy megfelelő kerékpár sávot kapjon a déli oldal is.
Érdekesség, hogy a híd kiváltására egy időben még azt is vizsgálták, Hagyó Miklós ötletére, hogy pontonhíd épülne a felújítás idejére. Hamar kiderült, hogy a fel- és lehajtók kiépítése nagyon költséges, az alacsonyabb kocsik fennakadhatnának felhajtáskor, a közvilágítás megoldatlan, a fenntartás költsége pedig napi 20 millió forint körül lenne.
A viszontagságok után, végül tavaly augusztus 23-án lezárták a hidat és kezdődhetett a munka. Alig három hónapja folyt a felújítás, amikor a kivitelező bejelentette komoly (négy hónapos) csúszás várható. Eszerint a híd végleges átadása 2011. március 31-e helyett az év június 13-án történhet meg. A késés – véleményük szerint – az engedélyek beszerzése miatt alakult ki. A jóváhagyott kiviteli terveket ugyanis csak október 20-án kapták meg, így csak azután kezdhették meg az elemek gyártását a kivitelezők. A csúszás miatt a kivitelező ezt követően még 740 millió forintos kötbérigényt is benyújtott.A főváros jelezte nem akar fizetni, és ha nem lesz megegyezés, perre megy. Indoklásul azt hozták fel, hogy a szerződésben meghatározott ár átalányár, többletmunka elszámolására azonban csak a tételes árajánlat ad lehetőséget, továbbá a kivitelező meghatározott műszaki tartalommal írta alá a szerződést, amely azóta nem változott.
A fentiek miatt vizsgálatot kezdett egy független bizottság is, amely végül addig jutott, hogy megállapította, a Margit híd felújításánál 8,3 milliárd forint veszteséget okozott a budapestieknek a városvezetés. A jelentést végül nem fogadta el a közgyűlés sem.
A hidat egyébként két ütemben tervezik átadni. Az ígéretek szerint év végére megkaphatja az ideiglenes forgalomba helyezési engedélyt, 2011 júniusában pedig teljes mértékben elkészülnének a felújítással.
