Korábbi kormányrendelet rendelkezett arról, hogy nem lép hatályba az a szabály, amely előírja, hogy a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség (NFÜ) köteles a pályáztatás, a szerződéskötés, a pénzügyi lebonyolítás, a közbeszerzési eljárás lefolytatásának ellenőrzése, a monitoring és a folyamatba épített ellenőrzés teljes folyamatára részletes eljárásrendet kidolgozni, és előírni annak alkalmazását valamennyi hitelesítést végző szervezet számára.
Az ellenőrzésről szóló eredeti rendelet július 1-től valamennyi operatív programra kötelezővé tette volna a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség, illetve a közreműködő szervezet számára azt, hogy a folyamatba épített ellenőrzés részeként gondoskodnia kell a kockázatelemzésen alapuló mintavételezéssel kiválasztott projektek helyszíni ellenőrzéséről.
Az ellenőrzést tehát az államháztartásért felelős miniszter – jelenleg a nemzetgazdasági miniszter – irányítása alatt működő EUTAF veszi át. A főigazgatót is a miniszter nevezi ki.
A főigazgatóság látja el az Európai Regionális Fejlesztési Alapból, az Európai Szociális Alapból és a Kohéziós Alapból származó támogatásoknál az ellenőrzési hatósági feladatokat, továbbá az egyéb európai uniós és nemzetközi támogatások kormány által meghatározott ellenőrzési feladatait.
A főigazgatóság ellenőrei jogosultak az ellenőrzött szervezet helyiségeibe belépni, de figyelemmel kell lenniük az ellenőrzött szervezet biztonsági előírásaira, és munkarendjére. Az ellenőrzésről 3 nappal korábban értesíteni kell a társaságot. Az ellenőrök az ellenőrzött szervezetnél – az ellenőrzés tárgyához kapcsolódó – minősített adatot, üzleti vagy egyéb titkot tartalmazó iratokba és más dokumentumokba, és az elektronikus adathordozón tárolt adatokba betekinthetnek. Az adat- és titokvédelmi előírások betartásával azokról másolatot, kivonatot, illetve tanúsítványt készíthetnek, indokolt esetben az eredeti dokumentumokat, másolat hátrahagyása mellett – átvételi elismervény ellenében – elvihetik.
A főigazgatóság által készített jelentések nyilvánosságára a személyes adatok védelméről és a közérdekű adatok nyilvánosságáról szóló törvény, valamint az egyes titokfajtákról szóló törvények rendelkezései az irányadóak.
Az EUTAF minden év szeptember 30-ig a miniszter útján beszámol a kormánynak az elvégzett ellenőrzésekről.
