Az immár Meta néven ismert Facebook minden felhasználója számára élesítette a végpontok közti titkosítás funkcióját a Messengerben, amivel a korábbinál nagyobb fokú adatvédelem érhető el. Az egyelőre csak mobilon használható funkció kétféleképpen kapcsolható be: a már létező beszélgetésekbe belépve, az ujjunkat a képernyőn felfelé húzva aktiválható az ún. vanish mode, amikor a beírt üzenetek eltűnnek, miután mindkét fél elolvasta őket és becsukta a chatablakot.
Ha aktiváljuk ezt a funkciót, még arról is értesítést kapunk, ha valaki képernyőmentést készít a beszélgetésről. Fontos ugyanakkor, hogy a beszélgetős másik szereplője csak akkor kap értesítést az ilyen módban küldött üzenetekről, ha mobilon használja a Messengert. Ha olyan ismerősnek írunk, aki csak böngészőben messengerezik, ő nem fogja látni a titkosított chat beszélgetést.
A titkosított beszélgetés indításának másik módja, ha mobilon megnyitott Messenger alkalmazás jobb felső sarkában rányomunk a tollal jelzett üzenetírás ikonra, majd a felugró menüben szintén a jobb felső sarokban bekapcsoljuk a kis lakat ikont. Ha ez megvan, már csak ki kell választani, hogy kinek szeretnénk titkosított üzeneteket küldeni, és a chatben azt is beállíthatjuk, hogy mennyi idő után tűnjenek el a bevitt szövegek, miután mindkét fél elolvasta őket.