Az adómentességgel ellensúlyozni lehet a biodízel előállításának magas költségeit. Egy liter biodízel előállítása 88 centbe kerül, ez nagyjából annyi, mint a hagyományos dízel az ásványolaj-adóval együtt. Hasonló az arány a bioetanol és a hagyományos benzin között. A Magyarországon a néhány évvel ezelőtt meghirdetett biodízel program megrekedt, az egyetlen, 2002 végén elkészült kunhegyesi biodízel gyár nem sokkal a próbaüzem után bezárt.
