A hatvanas években játszódó történet bemutatja, hogy a mutánsok fontos szerepet töltöttek be a kubai rakétaválságban. A különféle szuperképességekkel rendelkező embereket Charles Xavier és Erik Lensherr vezette, ám a két jó barát útja idővel különvált, mivel céljaik mások voltak. Erik, azaz Magneto szerint a béke soha nem volt megoldás, Charles viszont a békés megoldásre szavazott. Megismerhetünk néhány újabb mutánst, aki még nem bukkant fel egyetlen X-Men filmben sem, és lesznek régi ismerősök is.
