Az első lövés eldördülése után a pápát az egyik rendőr saját testével védte, mégis négy golyó találta el. Válságos állapotban vitték kórházba, mert bár létfontosságú szerveit nem érte találat, az egyik golyó keresztülhaladt rajta, és szilánkok maradtak a testében.
A merénylőt azonnal elfogták – egy apáca vetette rá magát. Az akkor 23 éves, de már jól ismert terrorista beismerte, hogy ő lőtt rá a Pápára, de a merénylet okairól, és annak megszervezéséről sosem beszélt. Egyes feltevések szerint a bolgár titkosszolgálat, végső soron pedig a Szovjetunió állt a merénylet mögött, de az Iráni Iszlám Köztársaság vezetője, Khomeini ajatollah épp úgy felmerült felbújtóként, mint Bechir Celenk bulgáriai török bűnöző. Sőt, olyan elméletek is napvilágot láttak, hogy a CIA állt a merénylet hátterében.
Ali Agcát életfogytig tartó börtönbüntetésre ítélték. A pápa azonban megbocsátott merénylőjének, híveit arra szólította fel, hogy imádkozzanak Mehmetért. Az egyházfő 1983-ban meg is látogatta Agcát a börtönben, ahol négyszemközt beszélgetett vele és egy gyűrűvel ajándékozta meg, majd 2000-ben kegyelemben részesítette. Ekkor kiadták Törökországnak, ahol több korábban elkövetett bűncselekmény miatt ismét börtönbe zárták, és ahonnan végül csak idén január 12-én szabadult ki. Pont ezen a napon hunyt el Francesco Pasanisi, az az egykori vatikáni rendőrfőnök, aki 1981-ben a testével védte II. János Pál pápát és aki maga is megsérült a lövöldözésben.
A Vatikán álláspontja szerint a fátimai titkok közül a harmadik, melyet 2000-ben II. János Pál hozott nyilvánosságra, pont ezt a merényletet jövendölte meg. A golyó, amely pápa testébe fúródott, ma a Fatimai Szűz Mária szobor koronáját ékesíti, bizonyítva, hogy a jóslat beteljesült.
