A gép fejlesztését 1988-ban Carnegie Mellon egyetemen egy Feng-hsiung Hsu nevű kínai-amerikai matematikus kezdte el fejleszteni. Ekkor a gép még Deep Thought névre hallgatott, mely nevet a Galaxis útikalauz szuperszámítógépe ihletett . A gép és a sakkmester első összecsapására 1989-ben került sor, amikor is Kaszparov még könnyedén verte a technikát. Egy évvel később Feng az IBM-hez igazolt, a projekt pedig az anyavállalt beceneve után (Big Blu – Nagy Kék) a Deep Blue nevet kapta.
A Deep Blue nem egyszerű sakkprogram volt, a hardvert is speciálisan a sakk számításigényeihez alakították ki. Másodpercenként 200 millió lépésvariációt tudott kiszámolni és értékelni; 6-12 lépésre előre tudta a meccs összes lehetséges állását elemezni. Fejlesztése körülbelül 20 millió dollárba került.
A fejlesztések utáni első megmérettetésre 1996 februárjában került sor, mely során a gép 33 lépésben verte Kaszparovot. Ez volt az első eset, hogy a gép meg tudta verni humanoid riválisát. A következő öt partiból Kaszparov hármat nyert meg, kettő pedig döntetlen lett, így a végső összesítésben 4:2-re nyerni tudott az örmény sakkzseni.
A visszavágóra egy évvel került sor. Az IBM addigra megduplázta a gép teljesítményét. Az első partit ugyan még Kaspatov nyerte, de a másodikban alul maradt, és után is csak döntetlenre volt képes. Végül az utolsó menetben mindössze 17 lépésben ismét a gép aratott diadalt, mely a sakkozó pályafutásának legrövidebb veresége lett.
