A bilbaói klub – amelynél az őszi szezonban mellőzték a 27 éves csatárt – honlapján jelentette be, hogy az olasz bajnoki címvédő felveszi a kapcsolatot a játékossal, akit nem most januárban, hanem szerződésének lejárta, azaz június 30. után akar leigazolni – ingyen.
Fernando Llorente, aki a spanyol válogatottban eddig 21-szer szerepelt, a bajnokság legutóbbi szezonjában 17, míg az azt megelőző kiírásban 18 gólig jutott, a májusi döntőig tartó Európa Liga-menetelésből pedig hét góllal vette ki a részét.
A nyáron azonban nem volt hajlandó meghosszabbítani szerződését nevelőegyesületével, ezért a 2012/13-as szezonban nem léphetett pályára a spanyol Primera Divisiónban.