A 20 éves középpályás a szombati, St. Pauli ellen 3-0-ra megnyert bajnoki találkozó után fájdalomra panaszkodott. A Dr. Hans-Wilhelm Müller-Wohlfahrt csapatorvos megvizsgálta Kroos sérült bal lábát, és pihenést írt elő a vb-bronzérmes futballistának, állítása szerint szereplésével súlyosabb sérülést, úgynevezett fáradásos törést kockáztatna meg a lábközépcsontjában.
Ezt azt jelenti, hogy Kroos hetekig nem terheli a sérült lábát, majd újabb vizsgálatokat követően születik döntés arról, mikor kezdheti meg az edzéseket. Következésképpen kihagyja a bajor együttes idén még hátralévő bajnoki és kupameccsét – mindkettőn a Stuttgart lesz az ellenfél.
A Bayer Leverkusentől nyáron igazolt labdarúgó a Bayern München valamennyi tétmeccsén pályára lépett az őszi idényben, ezeken két gólt szerzett és emellett hét góltérő átadása is volt.