A versenyben lévő klubokat az Európai Labdarúgó Szövetség hét, tízcsapatos csoportba sorolta, és az egyes csoportokon belül is különválasztotta a kiemelteket és a nem kiemelteket. Így, egy-egy klub (pontosabban páros továbbjutója, hiszen még zajlik a második selejtezőkör), tulajdonképpen öt ellenfél valamelyikét kaphatta.
A Videoton FC (és az NK Maribor) a 3. csoportban volt. A lehetséges ellenfelek: a portugál Sporting CP, a szerb Crvena zvezda, a belga KRC Genk, a skót Hibernian, valamint az Austria Wien és a bosnyák Siroki Brijeg párviadalának (az első mérkőzés 2-2 lett Bécsben!) továbbjutója lehetett. Végül a skót csapatot kapta a székesfehérvári (vagy a szlovén) együttes, amely kétségtelenül könnyebb ellenfél, mint a Sporting vagy a Zvezda.
A Győr ha továbbjut (amire 2-0-s idegenbeli sikerével minden esélye megvan Pintér Attila fiainak), kemény ellenféllel csap össze, a francia Montpellier vár a kazah Atyrau elleni párharc győztesére. A 6. csoportban még olyan nagycsapatok, mint az Alkmaar, a Göteborg és a Hajduk Split várt ellenfelére.
A harmadik forduló első mérkőzéseire július 29-én kerül sor, ha továbbjut, mindkét magyar csapat hazai környezetben kezd, míg a visszavágókat egy héttel később rendezik meg.
A Liverpool a Rabotnickivel vagy a Mikával játszik, a Juventus pedig a Shamrock Rovers-Bnei Yehuda párosítás továbbjutójával.
Párosítások:
Tauras (litván) / APOEL Nicosia (ciprusi) – Jablonec (cseh)
Jagiellonia Bialystok (lengyel) – Aris Saloniki (görög)
Galatasaray (török) – OFK Beograd (szerb) / Torpedo Zhodino (fehérorosz)
Kalmar (svéd) / Dacia Chisinau (moldáv) – Levszki Szófia (bolgár) / Dundalk (ír)
Aalesund (norvég) – Motherwell (skót) / Breidablik (izlandi)
Atyrau (kazah) / Győri ETO – Montpellier (francia)
Differdange (luxemburgi) / Spartak Zlatibor Voda (szerb) – Dnipro (ukrán)
AZ Alkmaar (holland) – IFK Göteborg (svéd)
Olimpia Balti (moldáv) / Dinamo Bukarest (román) – Hajduk Split (horvát)
Gorica (szlovén) / Randers (dán) – Lausanne (svájci) / Borac Banja Luka (bosnyák)
Sibir Novosibirsk (orosz) – Apollon Limassol (ciprusi)
Utrecht (holland) / Tirana (albán) – Luzern (svájci)
Maccabi Haifa (izraeli) – Dinamo Minsk (fehérorosz) / Sillamäe Kalev (észt)
Molde (norvég) / Jelgava (lett) – Stuttgart (német)
FK Baki (azeri) / Buducnost Podgorica (montenegrói) – Bröndby (dán) / Vaduz (liechtensteini)
Anorthoszisz (ciprusi) / Sibenik (horvát) – Cercle Bruges (belga) / TPS Turku (finn)
Sturm Graz (osztrák) – Gefle (svéd) / Dinamo Tbilisi (grúz)
Siauliai (litván) / Wisla Krakkó (lengyel) – Portadown (északír) / Qarabag (kazah)
Besa (albán) / Olympiakosz (görög) – Maccabi Tel-Aviv (izraeli) / Mogren (montenegrói)
Viktoria Plzen (cseh) – Besiktas (török) / Vikingur Reykjavík (izlandi)
Valletta (máltai) / Ruch Chorzow (lengyel) – Austria Wien (osztrák) / Siroki Brijeg (bosnyák)
Inter Turku (finn) – Racing Genk (belga)
Crvena Zvezda (szerb) – Slovan Bratislava (szlovák)
Videoton / Maribor (szlovén) – Hibernian (skót)
Nordsjaelland (dán) – Sporting CP (portugál)
Elfsborg (svéd) / Iskra Stali (moldáv) – Ventspils (lett) / Teteks (macedón)
Shamrock Rovers (ír) / Bnei Yehuda (izraeli) – Juventus (olasz)
KR Reykjavík (izlandi) / Karpaty Lviv (ukrán) – Zestafoni (grúz) / Banska Bystrica (szlovák)
CSZKA Szófia (bolgár) – Cliftonville (ír) / Cibalia (horvát)
Temesvár (román) – MyPa 47 (finn) / Sant Julia (andorrai)
Beroe Stara Zagora (bolgár) – Suduva (litván) / Rapid Wien (osztrák)
Marítimo (portugál) / Sporting Fingal (ír) – Honka (finn) / Bangor (walesi)
Liverpool (angol) – Rabotnicki Skopje (macedón) / MIKA Jereván (örmény)
Stabaek (norvég) / Dnepr Mogilev (fehérorosz) – WIT Georgia (grúz) / Banik Ostrava (cseh)
Odense (dán) – Zrinjski Mostar (bosnyák) / Tre Penne (san marinói)
