Fran Mérida a Barcelonában nevelkedett, majd 2007-ben lecsapott rá az Arsenal. A debütálásakor rögtön eredményes tudott lenni, a Boreham Wood elleni barátságos mérkőzésen talált a hálóba.
2008-ban a londoni csapat kölcsönadta őt a Real Sociedadnak, ahol 17 meccsen játszott, emellett a spanyol korosztályos válogatottakban szép sorjában vette a lépcsőfokokat.
A mindössze 20 éves középpályás szerződése június 30-án jár le az angol együttesnél, így az őt egy éve figyelemmel kísérő, Európa Liga-győztes Atlético Madrid ingyen szerezte meg a játékost, aki nem szerepelt Arséne Wenger tervei között.
