A baktériumok rögtön a születésünk után megtelepednek a szájban, aztán minden alkalommal több milliónyi érkezik belőlük, ha megiszunk egy pohár vizet, eszünk, a szánkba veszünk valamit, vagy megcsókolunk valakit. Ezek közül az organizmusok közül a legtöbb csak átutazó, hosszú távra kevesebben rendezkednek be.
Az egyensúlyi állapot felborulásával, a káros törzsek elszaporodása jön létre, mely rossz lehelethez, fogszuvasodáshoz, de akár komolyabb gyulladásos folyamathoz is vezethet. A baktériumok az ínybetegségek során bejuthatnak a hajszálerekbe, majd a véráramon keresztül az egész szervezetbe. Bár az immunrendszer ezeknek a jelentős részével elbánik, ha ez nem történik meg, akár szepszishez is vezethet a folyamat. A száj baktériumai olyan betegségek kialakulásával is összefüggésbe hozhatók, mint a diabétesz, az Alzheimer-kór, különböző szívbetegségek stb. A fogszuvasodás is a káros baktériumok túlsúlyba kerülésével magyarázható, olyan fajok szaporodnak el, melyek a cukrokat jól tudják hasznosítani a szaporodásukhoz. Ezért vezet az édességek fogyasztása fogszuvasodáshoz.
A tudósok még nem tudják pontosan, hogy miért és hogyan történik a száj baktériumflórájának evolúciója, de az biztos, hogy a folyamatot rengeteg tényező befolyásolja, például az is, hogy mikor nőnek ki a tej-, majd aztán a végleges fogaink. Jelenleg úgy tűnik, a legfontosabb tényező az anya szájhigiéniája. Például, ha ínygyulladása volt, vagy dohányzott a terhessége alatt, akkor a gyermeke szájában az átlagosnál jó eséllyel több káros, patogén baktérium lesz.
Amit azonban pontosan tudunk, hogy a száj egészségéért sokat tehetünk. Nemcsak a rendszeres fogmosás fontos, hanem a szájszárazság és a különböző gyulladásos folyamatok megállítása, kezelése is, hogy megtartsuk, illetve helyreállítsuk a mikrobaflóra egyensúlyát.
