A dán politikust 2009 áprilisában választották ki a posztra, és az év nyarán lépett hivatalba. A megbízatás alapértelmezés szerint négy évre szól. A NATO nagyköveteinek szerdai döntése alapján Rasmussen öt évig lehet főtitkár.
Rasmussen vezetésével a NATO átfogó szervezeti reformokba vágott bele. Emellett a szövetség legfontosabb művelete, az afganisztáni misszió ügyében úgy döntöttek, hogy 2014 végéig kivonják harcoló erőiket a közép-ázsiai országból, ami jelentős szervezési tevékenységet – a vezetést illetően pedig nyilvánvalóan folyamatosságot – igényel.
