Ratzinger érsek 1981–től 2005-ig vezette a katolikus egyház hivatalát, a Hittani Kongregációt, amelynek feladata a hit védelme mellett az, hogy vizsgálatokat indítson és végső esetben eltanácsoljon olyan papokat, akik vétettek az erkölcsök ellen.
Csakhogy a napvilágra került belső levelezésekből – amely különböző püspökök és Joseph Ratzinger között zajlott – kiderült, hogy amíg a püspökök harcoltak a hatalmukkal visszaélő papok elbocsátásáért, addig az egyházi tisztviselők csak a botránytól próbálták védeni a felekezetet. A vádakkal szembesülve, az akkor németországi érsekségi címet viselő, Benedek pápa és közvetlen beosztottjai szándékosan nem riasztották a polgári hatóságokat, vagy büntették meg a szexuális bántalmazással vádolt tiszteleteseket.
A vatikáni titkos levelezésekhez a New York Times jutott hozzá, ugyanis egy most zajló per miatt az egyháznak elő kellett adnia a dokumentumokat. Két férfi pert indított Milwaukee egyházmegye ellen, gyermekkorukban elkövetett szexuális zaklatás vádjával.
Vatikáni méltóságok – beleértve a majdani XVI. Benedeket – nem fosztották meg papi tisztségétől Lawrence Murphy-t, aki majdnem 200 süket fiút molesztált annak ellenére, hogy több amerikai püspök is figyelmeztette őket, hogy lebukás esetén a pap szégyent hoz egyházukra.
Murphy atya ellen 1974-ben merült fel a vád, mely szerint szexuálisan bántalmazza a gyerekeket. A Ratzingerrel folytatott levelezéseit követően nemcsak a vizsgálattal nem kellett szembenéznie, de tetteinek nem voltak következményei, 1998-ban bekövetkezett haláláig viselte a reverendát, és dolgozott gyermekekkel.
