A légitársaság gépeire 2001. október 2-án mondtak ki felszállási tilalmat, miután a cég nem fizetett az olajtársaságoknak a kerozinért és a repülőtereknek a leszállási engedélyekért. Világszerte összesen több tízezer utas rekedt külföldön. A pénzügyi összeomlás következtében több ezer Swissair-alkalmazott és részvényes vesztette el megtakarításait.
A cég csődjéhez vezető úton a 2001. szeptember 11-i egyesült államokbeli terrortámadások utáni légiközlekedési visszaesés jelentette az utolsó lépést. A vállalatot addigra már amúgy is meggyengítette az a meggondolatlan terjeszkedési stratégia, amelynek részeként a vezetőség több európai légitársaság – többek között a belga Sabena, a német LTU vagy a lengyel LOT – részvényeinek a felvásárlásába kezdett.
Zürich kanton ügyészsége a légitársaság igazgatóságának valamennyi tagja ellen vádat emelt hitelezők megkárosítása, hanyag gazdálkodás, csalás és okirat-hamisítás címén. A 19 vádlott öt év börtönbüntetésre, illetve pénzbüntetésre számíthat, ha bebizonyosodnak a négyévi nyomozás alapján összeállított, több mint 100 oldalra rúgó vádiratban szereplő állítások.
